唐王政权也是一个偏安东南的南明小朝廷。1645年6月,弘光朝镇江总兵郑鸿逵、南安伯郑芝龙、礼部尚书黄道周、福建巡抚张肯堂等人拥立唐王朱聿键在福州称帝,建元隆武。唐王政权内部同样十分腐败。当唐王政权建立之初,除有福建、两广、云贵外,还有安徽、江西、湖广的一部分地方。李自成牺牲后,大顺军尚有40余万,分为两支,一支由郝摇旗、刘体纯率领;一支由李过、高一功率领,在荆襄地区继续坚持斗争。1645年秋,在清军进一步南侵的形势下,他们鉴于局势的严重,便主动与唐王政权结合起来共同抗清。明湖广巡抚何腾蛟招抚了李自成部将李过、郝摇旗、袁宗第等及左良玉的旧部,号称荆襄十三家军,这时也投靠唐王政权。李过、高一功等30余万归堵胤锡直接指挥,唐王政权得到各地义军的拥护。1646年春,清军派孔有德率军进攻湖广,何腾蛟等与大顺军英勇抗击,大败清军于岳州,接着又在藤溪、湘阴取得几次胜利,使清军一时不敢南进。唐王政府倾覆后,他们又支持桂王政府,一直战斗到抗清斗争的最前线。在隆武的旗帜下,各派抗清力量却无法联合起来。唐王政权的军权完全掌握在郑芝龙手里,而郑芝龙则无心抗清,他之所以拥立唐王,只不过是借其旗号为自己争夺权力,他所关心的只是搜刮财物,排斥异己。他拥有二三十万军队,既不主动出击敌人,也不支援各地义军的抗清斗争。首辅黄道周挺身而出,请求督师北伐。由于郑芝龙的百般刁难,不给军队,又不给粮饷。黄道周在进军途中兵败被俘,解至南京,不屈而死。当浙东鲁王政权崩溃,清军南下进逼福建时,郑芝龙为了保全自己的大笔家产,便与洪承畴暗中勾结,准备降清,他尽撤仙霞岭上的驻军,使清军得以长驱直入。1646年秋,福州失守,唐王逃到汀州,被清军俘杀。郑芝龙不听儿子郑成功的苦心劝告,剃发降清,隆武政权倾覆。