康熙三次亲征噶尔丹是维护西北边疆安全的重大军事行动。清初,我国西北地区的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古三大部分。厄鲁特蒙古就是明朝时的瓦剌部。16世纪后期,漠西厄鲁特蒙古分成和硕特、土尔扈特、杜尔伯特和准噶尔4部,分别活动于乌鲁木齐地区、塔尔巴哈台地区、额尔齐斯河两岸和伊犁河流域。康熙即位前后,游牧于伊犁河流域的准噶尔部日益强大起来,准噶尔部首领噶尔丹派兵攻打厄鲁特蒙古,控制了天山南北,极力想把厄鲁特蒙古人民及其土地攫为己有。从噶尔丹、策妄阿拉布坦,到噶尔丹策零和阿睦尔撒纳都严重危害清王朝的统一和边境安宁。1688年,噶尔丹勾结沙俄对喀尔喀蒙古发动突然袭击,在内外夹击下,土谢图汗部损失很大,喀尔喀蒙古各部在噶尔丹进攻下向清政府求救。1690年,噶尔丹在沙俄的支持下率2万多骑兵,以追喀尔喀蒙古为名,公然向内蒙古大举进攻,深入到距北京900余里的内蒙古乌珠穆沁部。清军初战失利,噶尔丹乘机深入到距北京700里的乌兰布通,清廷震动。同年8月,康熙亲到今河北隆化县视师。当准军深入到乌兰布通时,康熙命令右翼停止进兵,屯归化城,截其归路。清军与噶尔丹在乌兰布通激战一整天,清军大炮猛轰,以优势火器击破噶尔丹用万驼围成的“驼城”,大破准军数万人,噶尔丹惨败,率残部乘夜突围逃遁,向漠北狂奔,到科不多者仅剩数千人。康熙第一次亲征噶尔丹取得决定性胜利。1695年10月,噶尔丹率骑兵3万,扬言“借俄罗斯鸟枪兵6万大举内犯漠南”,沿克鲁伦河东下,再次挑起战火。1696年3月,清军分三路进剿噶尔丹,康熙帝命萨布素率东三省兵出东路;费扬古率陕西兵出西路,截断噶尔丹军归路;康熙亲率中路军出征,约期夹攻,噶尔丹听到消息,吓得连夜西逃。清军已切断噶尔丹归路,清西路军在古战场昭莫多(蒙古乌兰巴托东南)设下埋伏,叛军疯狂反扑,激战自午至暮,噶尔丹大败,妻可敦被击毙,叛军大部被歼,噶尔丹仅“引数骑逃去”。康熙第二次亲征噶尔丹取得决定性胜利。昭莫多一战,噶尔丹全军覆没,从此一蹶不振。1697年2月,康熙第三次亲征,给噶尔丹致命一击。康熙亲赴宁夏,命费扬古、马思哈分两路出兵进剿噶尔丹残部,噶尔丹众叛亲离,身边只剩五六百人,一听说清军将大至,纷纷前去投降,还带路追捕噶尔丹。准噶尔已有新主,他的侄儿策妄阿拉布坦与清朝通好,准备擒拿噶尔丹请赏。噶尔丹众叛亲离,连沙俄也抛弃了他,在走投无路的情况下噶尔丹服毒自杀,结束余生。康熙年间历时8年,三次亲征终于平定了噶尔丹叛乱。