平定策妄阿拉布坦是康熙时又一次对准噶尔部叛乱的军事行动。策妄阿拉布坦是准噶尔部首领僧格子,噶尔丹的侄子,因噶尔丹夺取汗位,逃离准噶尔,潜居吐鲁番。噶尔丹发动叛乱,他乘机返回准噶尔部根据地伊犁,收其父旧部和噶尔丹残部,协助清军消灭噶尔丹叛军。1697年,噶尔丹死后,清廷因策妄阿拉布坦帮助剿灭其叔噶尔丹有功,承认他为准噶尔部首领,统治阿尔泰山以西地区。但随着势力的增长,策妄阿拉布坦的扩张野心暴露,企图向东扩张,并想吞并西藏,分裂国家。1717年,策妄阿拉布坦派其弟大策凌敦多布率精兵6000攻入西藏拉萨,杀拉藏汗,拘禁达赖喇嘛,组织了一个听命于准噶尔的傀儡政府,并将拉萨城洗劫一空,举世闻名的布达拉宫遭到破坏,西藏大乱。1718年,康熙派十四子为抚远大将军统帅全军,进藏平叛,清军战败。1720年,康熙帝再次派兵遣将,康熙帝令清军护送达赖七世进藏,清两路大军入藏。8月,清军进入拉萨,在西藏人民支持下,清军迅速驱逐了叛军,大策凌敦多布率残军逃回伊犁。从此,西藏归于清朝掌握之下。雍正年间,清朝在西藏设置驻藏大臣,进一步加强了对西藏的控制。