平定准噶尔部叛乱是乾隆时期平定边疆叛乱的斗争。1754年,准噶尔部阿睦尔撒纳与达瓦齐(大策凌敦多布之孙)发生冲突,力不能胜,率众2万投降清朝,受封为亲王。达瓦齐政权已处于众叛亲离的境地,乾隆决定乘机平定新疆。1755年春,清军分北、西两路向伊犁进军,平定达瓦齐割据势力。在清军的进剿下准噶尔部纷纷迎降,有的更直接参加了平叛战斗,叛军很快土崩瓦解,达瓦齐向天山以南逃窜,被维吾尔族擒献清军。平定达瓦齐,清军不过用了3个月,便攻下西北重镇伊犁,将达瓦齐擒获。第二次是平定阿睦尔撒纳叛乱。阿睦尔撒纳是策妄阿拉布坦的外孙,他自认为参加平叛有功,一心想做厄鲁特“四部总台吉”专制西域。这一企图破灭后,遂于1756年在伊犁发动叛乱。第二年,清政府出兵平叛,阿睦尔撒纳迅速溃败,逃往俄国。因他同沙俄早有勾结,所以沙俄对他百般庇护,拒不交出,直到阿睦尔撒纳病死,沙俄政府才把他的尸体交还。至此,准噶尔部封建主的长期叛乱终于被镇压下去。清朝设置伊犁将军,统辖全疆军政。并于塔尔巴哈台(今新疆塔城)、喀什噶尔(今新疆喀什)、各值参赞大臣,受命于将军,分统天山南北路。于南疆各城值办事大臣或领队大臣,管理一城之事,巩固了天山南北的统治。