平定大小和卓叛乱是乾隆时期对天山南路维吾尔族宗教首领叛乱的军事斗争。清朝初期,新疆南部信仰伊斯兰教的维吾尔族和其他民族处于准噶尔部统治之下。维族宗教首领阿布都什特和玛罕木特及其二子波罗尼特、霍集占兄弟还相继被噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策零等长期禁锢在伊犁。阿睦尔撒纳发动叛乱期间,为了争取维吾尔族的支持,释放波罗尼特返回维吾尔族本部。清廷平定阿睦尔撒纳武装叛乱后,大和卓(波罗尼特)与其弟小和卓(霍集占)获释,包括波罗尼特都表示服从中央政府。然而,大小和卓并没以此感恩于清廷,相反却打算利用地势偏僻,清朝出兵困难等客观条件,积极进行分裂国家的活动。刚从伊犁逃归的霍集占却妄图借此实现割据新疆的野心,在他的教唆下,前来商议和平事宜的清朝使臣被杀害,南疆的形势急转直下,一场新的叛乱又爆发。1757年,大小和卓起兵反清,一时从者数十万。1758年,清朝派靖逆将军雅尔哈善率兵平定大小和卓叛乱,由吐鲁番进攻维吾尔部北方门户库车,并在大败霍集占的援军之后攻占该城。不久,又派战功卓著的将军兆惠率军挺进南疆,攻打叛军的主要据点叶尔羌城。1759年,清军分两路攻占叶尔羌和喀什喀尔两城。在清军强大攻势下,大小和卓不能敌,欲率残部逃奔今阿富汗东北。清军在各族人民大力协助下,粉碎了这次叛乱活动。叛乱头子大小和卓狼狈逃到巴达克山境内,当地首领将大小和卓兄弟捉杀后把尸首交给清朝。至此,平定大小和卓叛乱取得最后胜利。