元代掌管全国佛教事务和西藏地区军政事务的机关。元初始置总制院,元世祖至元二十五年(1288年),因为总制院所统辖藏族地区军民财赋事关重要,据唐代在宣政殿接待吐蕃来使的先例,改总制院名为宣政院。由帝师兼领,设院使、同知、副使等官,下辖藏族地区各宣慰司、招讨司、万户府等地方行政机构。院使以下的各级职官,包括藏族地区各级官吏,由院自选或由帝师举荐,僧俗并用。平时地方遇事,设行宣政院驻当地处理。凡重大军政问题,则由宣政院会同枢密院议处。