元代掌管全国佛教和吐蕃军政事务的机构。元世祖忽必烈统治初年,在中央设总制院,以“国师”西藏喇嘛教萨迦派法王八思巴出任第一任长官。1288年(元至元二十五年)“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故,更名宣政院”。其最高长官由西藏佛教首领担任,秩从一品。凡藏族地区各级官吏,由院自选或由国师举荐,“军民通摄,僧俗并用”。遇有重大军政事宜则由宣政院与枢密院议处。从元朝始,西藏地区正式成为中国中央政府直属的一个地方行政区域。