因明、清两代京城药王庙很多，故又称北京外城天坛之北的药王庙为南药王庙。此庙始建于明天启七年（公元1627年），为北京药王庙中最大的一座。占地二百多亩，各类殿房近二百间。砖石结构，青石为基，磨砖对缝，雕梁画栋。庙的主要建筑分东、西两部分。西部是寺庙形式：山门门额镌刻“敕封药王庙”，门前原有两尊大铁狮子，进山门有一对大旗杆。每年腊月至正月底，旗杆上挂大红灯笼，旗杆后有报时的钟、鼓楼。明朝时，西部有三层大殿。第一层大殿为药王殿，面阔三间，东、西两侧配殿各三间。正殿中供奉伏羲、神农、黄帝塑像，其左下方供药圣孙思邈，右下方供药王韦兹藏。大殿两侧，分别站立十大名医，即：三皇时的岐伯、雷公，秦代的扁鹊，汉代的淳于意、张仲景，三国时的华佗，晋代的王叔和、皇甫谧、葛洪，唐代的李景和。东配殿供马王爷和龙王爷，传说马王爷主管天下飞禽走兽，龙王爷管风调雨顺。西配殿供月下老人。第二层正殿和配殿与第一层的建筑形式、规模相同。正殿为玉皇殿，供奉玉皇大帝，东立四大天王，西列兵器。东配殿供斗母娘娘，西配殿供奉九位圣母：王母娘娘、子孙娘娘、收生奶奶、眼光奶奶等。第三层大殿是三清殿，面阔五间，正中供奉玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清太上老君。 两侧分别供着道教所信奉的其他十几位天神。三清殿两侧设有配殿，院内东、西两边立着三十余座石碑，碑文分别为修建各大殿时知名人士的题词和题记，今均已无存。在三清殿正西，立有一座二层小楼，楼下是关公殿，楼上为唐明皇殿。东部的建筑贯穿在南北轴线上。与山门并列平行的有一排临街罩房。面对罩房第一层殿是吕祖殿，供奉八仙之中的吕洞宾，其后有文昌殿、真武殿。真武殿后建有一座戏楼。戏楼北是药王寝宫，宫内供奉着药王爷和十大名医。在其西边有一小配殿，供财神爷赵公明。
        南药王庙自始建之日起，每逢初一、十五两日有庙会。相传每年农历四月廿八日为药王诞辰，从四月中旬开始，在庙外神路街设香池数处，供焚香拜祀。1949年后，在药王庙旧址上改建了中学，东部庙房多已拆除，西部除山门以外，主要三层大殿及配殿至今尚保存完整。