蔡元培小名阿培，入塾时，加昆弟行通用之“元”字，曰元培。其叔父为他起字曰鹤卿。他后来治小学，慕古人名字相关之习，且以鹤卿二字为庸俗，乃自字曰仲申，而号曰隺庼。及在爱国学社时，自号曰民友。至《警钟》时代，则曰：“吾亦一民耳，何谓民友”。乃取“周余黎民，靡有孑遗”句中字，号孑民，以至终生。青年时代的他还曾改名蔡振，缘由是他为麦鼎华的《伦理学》作序之事。其中说到“四书五经，不合教科书体裁”，碰巧让张之洞看见了，张之洞既不满麦书，又谓蔡序尤谬妄。商务印书馆恐所印书题蔡元培名为政府所反对，商请改署，又因为他翻译德国人弗里德里希·包尔生《伦理学原理》，与所编《中国伦理学史》皆假其妻黄世振（仲玉）女士之名，故署名蔡振。

        

蔡元培像

        1868年1月11日（清同治六年十二月二十七日）午夜，蔡元培生在浙江绍兴府山阴县城内。26岁以前一直生活在故乡。1894年，他在北京通过散馆考试，获取旧式考试的最高学阶，成为晚清进士，被授职翰林院编修。清朝留馆任编修前途无量，这时的他才28岁，已是一个“声闻当代，朝野争相结纳”的名士了。
        蔡元培从青年时代起就立志兴办教育，培养人才，提倡新学。他曾与龚宝铨等在上海建立反清的革命组织光复会，并被推选为会长，后又加入同盟会，因此有了“革命翰林”之号。最终，他成为一位对我国近代政治思想、文化教育都产生过重要影响的人物。他虽然倾慕西学，倾向维新，但并没有直接参加变法运动，甚至对维新党人的某些做法也不甚赞成，不过对变法运动者深表同情，尤其服膺谭嗣同，甚至被误认为“康党”。
        1901年5月15日蔡元培日记中记：“余取陆放翁诗句，自号心太平庵，取春秋太平世义，而又以哲学家唯心论贯之。近见日报及《清议报》中屡出‘心太平室主’，耻与雷同，乃改号知困斋，以表教育之志。”昔陆游确有斋号称“心太平庵”，见于陆游诗词的“心太平”句子也颇多。可以假设，如若没有民主革命的洪流，他或许会像陆放翁一样，做起“心太平庵主”来哩。
        也就在心太平庵易名知困斋的第二年，中国教育会在上海成立，这是一个秘密的革命团体，蔡元培在大家的公推下出任会长。同是一年，在他教书的南洋公学发生了学潮，退学的学生在蔡元培通过中国教育会的支持下，组织了爱国学社。学社创立之初条件极为艰苦，蔡元培在这段岁月中，完全履行了易名立志的誓言。蔡元培曾说：“自三十六岁以后，我已决意参加革命工作。觉得革命止有两途：一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是下暴动的种子。又以暗杀女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子。”1904年，是蔡元培政治活动史上的重要一年。年初，他辞去了《警钟日报》职务。同年3月，再次被选为中国教育会会长。自《苏报》案后，爱国学社大多不复存在，中国教育会的会员也大都散去。蔡元培当选会长后，教育会的工作得以重新开展。翌年4月，中国教育会开办通学所，教授外文和数理知识，蔡元培也去通学所听讲。陈其美、柳亚子等当时都是通学所的学生。这一年秋天，光复会在上海成立，蔡元培被推为会长。同时，他还秘密地制造炸药，参加暗杀团。同年，同盟会在东京成立，蔡元培被孙中山任命为上海支部长。次年秋，清廷准备派遣一批翰林院编检出国留学，蔡元培在北京的友人写信告以此事，而清政府又因经费拮据，故搁置不办。但蔡元培留学心切，决定自费留学。第二年五月间，蔡元培“随孙使由西伯利亚铁路赴德”，于六月初二日到达柏林，在莱比锡大学研究哲学、文学、美学和心理学。1911年辛亥革命武昌起义胜利后回国，孙中山任命他为教育总长，后随教育部迁入北京。此间，他竭力提倡在学校进行美育教育，主张“以美育代宗教”。后因不满袁世凯的擅权，而与同盟会会员宋教仁、王正廷、王宠惠等四总长，于1912年6月22日、7月2日先后两次提出辞职，于7月14日正式脱离教育部。后出国旅居德国，在莱比锡大学从事世界文明史研究。

        

蔡元培故居

        1916年冬，蔡元培在法国时，北洋军阀政府的教育部电促他回国，就任北京大学校长。他在北大期间，进行了不少改革，使学校风气为之一变。这主要表现在两个方面：
        一是他首先致力改革的是学生上学的观念。北大的前身是清末光绪二十四年创立的京师大学堂。辛亥革命后，改名为北京大学。当时，大多数学生并不读书，只想在北大混一个毕业资格，作为将来升官发财的敲门砖。蔡元培到校后，第一次发表演说，就指明“大学学生当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财的阶梯”。为贯彻这一方针，他聘请大批“积学而热心”的著名学者任教，并调整科、系设置，充实教学内容，举办各种学会和讲演会，形成了浓厚的学术氛围，“为学术而学术”的口号逐步在学生中发生影响。
        第二是他提倡学术自由，实行“圆通广大，兼容并包”的办学方针。尽管他能容纳拥护清室的辜鸿铭和拥护袁世凯称帝的刘师培等人在北大任教，但蔡元培自己始终站在新文化运动的进步一方。例如提倡白话文，反对“尊孔”，聘请当时在政治上或学术上具有革新思想的大批学者到北大任教。
        蔡元培在北京大学实行“兼容并包”的办学方针，是有着深刻的社会、文化与历史原因的。譬如，过去中国学术上流派就很多，经学有今、古文学派的不同，蔡元培同时聘请了今文学派的崔适（他的《论语足征记》、《史记探原》均在北大出版）和古文学派的刘师培。在文字训古方面，既有章炳麟的弟子朱希祖、黄侃、马裕藻，又有其他学派的陈黻宸、陈汉章、马叙伦。在旧诗方面，同时有主唐诗的沈尹默，尚宋诗的黄节，还有宗汉魏的黄侃。在政治方面，有英美法系的王宠惠，也有大陆法系的张耀曾。其它学科，同样也都是不同学派兼容并包。
        更重要的是，蔡元培一到北大，就请提倡新文化运动的陈独秀做文科学长（相当于文学院院长）。这时爱因斯坦相对论兴起，蔡元培就请中国第一个介绍相对论的夏元瑮做理科学长。这种安排，震撼了当时学术界和教育界，得到学生的拥护。李大钊到北大，是蔡元培请来的；李四光到北大，是蔡元培请来的；胡适到北大，也是蔡元培请来的。章士钊创立逻辑的学名，北大就请他开《逻辑》课；胡适和梁漱溟对孔子的看法不同，蔡元培就请他们同时各开一课，唱对台戏。当时，很少学校开设世界语课程，北大开了，并附设了世界语讲习班。1917年以后的几年里，北大三十岁左右的青年教授相当多，其中不少人和蔡元培并不相识，而是他在学术论文中发现其才而请来的。

        

蔡元培和爱国学社师生合影

        蔡元培在北大提倡“兼容并包”、“学术自由”，固然是时代进步的产物，同时也是他本人学贯中西，并因其长期革命之经历而养成宽阔胸襟所致。以后，蒋梦麟著文说：“先生日常性情温和，如冬日之可爱。无疾言厉色，处事接物，恬淡从容，无论遇达官贵人或引车卖浆之流，态度如一。但一遇大事，则刚强之性立见，发言作文不肯苟同。”“故先生之中庸，是白刃可蹈之中庸，而非无举刺之中庸。”“先生平时作文适如其人，平淡冲和。但一遇大事，则奇气立见”。“杀君马者道旁儿，民亦劳止，讫可小休”，这是他“五四”运动时出京后所登之广告。
        1923年，蔡元培辞去北京大学校长职务，再度出国游学。1926年2月，蔡元培回国，为中国国民党中央监察委员。1927年蒋介石叛变革命，他曾站到了国民党右派一边。柳亚子著文说：“蔡先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风。但在民国十六年上半年，却动了一些火气参加过清党运动，牺牲了不少青年。一张中央检察委员会名义发表的通缉名单，真是洋洋大观，连我也大受其影响，只好亡命而去日本。”这是蔡元培一生中最为黯淡的一页。
        1931年，在民族危亡之际，蔡元培开始积极主张对日抗战，反对蒋介石的专制独裁和“攘外必先安内”的反动政策。1932年和宋庆龄、杨杏佛在上海发起组织中国人权保障同盟，任副主席，为人民做了许多有益的工作。1940年3月5日于香港去世，享年72岁。