西汉、东汉经学的发展各具特色,自儒家独尊,今文经学的建立,到古文经学的兴起,以至今、古经学合流,然后逐渐趋于衰微,一是由于政治的变迁,一是受学术内在规律的影响。因此,两汉在经学的研究上有了很大的不同。总的来看,有如下差异:
        西汉尚今文,东汉重古文
        今古经学之分,最初起于文字不同。当时今文指通行的隶书,古文则是指先秦的古文而言。西汉立于学官的都是今文经学,本无今古经学的问题。到了刘歆倡导古文经,移让太常博士书,欲立《毛诗》、《左氏春秋》等博士,才有古、今经学的论争。古今经文本只是文字不同,到后来,连解经也有了很大差别。所以许慎在《五经异同》中,把五经分为古今经来研究。又因为今、古经文家法、师法不同,因此主张也相去甚远。廖平《古学考》总结说:“今学祖孔子,主《王制》;古学祖周公,主《周礼》。今学为孔子晚年之说,古学为孔子壮年之说。今学为经学派,古学为史学派。今学出齐鲁,古学出燕赵。今学守专门,古学多异说。”这些区别到后来发展为争执,甚至演变为意气用事,古文学家诋今文经学“口说无凭”,今文学家则斥古文学家为“向壁虚造”。彼此攻讦,久久不息。
        今文尚微言大义,古文多章句训诂
        西汉说经偏重于微言大义,讲求经世致用,如以《禹贡》治河,以《洪范》察变,以《春秋》决狱,以《诗经》当谏书,治一经就要发掘出经书中能为当世所用的政治观点和方法。东汉的经师则多致力于章句训诂,许多经学大师也是训诂的高手。许慎、马融、郑玄在经义训诂上都达到高峰,后人称名物、训诂之学为汉学,原因就在于东汉经师在训诂上的成就在历代学术中是独树一帜的。

贾逵(30—101),扶风平陵(今陕西咸阳)人,东汉经学家,著有《经传义诂》,有“通儒”之称。

        西汉经师多专一经,东汉经师多才博通
        西汉前期因经学初兴,经籍流行不广,加之经师多重微言大义的发掘,因此一般经师仅专守一经,罕能兼通,像申培既通《诗》又通《春秋》,韩婴《诗》、《易》双通的为数极少,能五经皆通的,仅夏侯始昌一人。
        东汉经师则不然,兼通数经的比比皆是。如尹敏习《欧阳尚书》,兼善《毛诗》、《穀梁》、《左氏》;景鸾能理《齐诗》、施氏《易》,兼习河洛图纬之学,又撰《礼内外说》;许慎五经无双;何休精研六经;贾逵、马融、郑玄则遍通群经,尤其是马融可通十一经,后儒很少能与之相比。这种遍通群经的风气,也是东汉经学的一大特点。

何休(129—182),任城(今山东济宁)人,东汉今文经学家,著有《春秋公羊解诂》,注有《论语》、《孝经》等。

        西汉说经简,东汉说经繁
        西汉各家之说大多止于一、二篇,但东汉解经却极为繁冗。马宗霍《中国经学史》说:“东汉则袁京习京氏《易》,作《难记》三十万言,……朱普《欧阳尚书章句》四十万言……牟氏《尚书章句》有四十五万余言,张奂亦以其浮辞繁多,减为九万言,然奂自著《尚书记难》亦三十余万言。伏恭治《齐诗》,以父黯章句繁多,乃省简浮词,定为二十万言。张霸就樊儵受严氏《公羊春秋》,以儵删严氏《春秋》犹多繁辞,乃减定为二十万言。”东汉学者说经虽多又博,但多而无当。《汉书·艺文志》曾说:“古之学者,耕且养,三年而通一艺,存其大体,玩经而已,是故用日少而蓄德多,三十而五经立也。后世经传既已乖戾,博学者又不思多闻阙疑之义,而务碎义逃难,便辞巧言,破坏形体,说五字之文至于二、三万言,后进弥以驰逐。故幼童而守一艺,白首而后能言,安其所习,毁所不见,终以自蔽,此学者之大患也。”这虽是《汉书》中的话,但对东汉学者治学之弊也是适用的。徐干《中论· 治学篇》也对东汉学者提出批判:“鄙儒之博学也,务于物名,详于器械,矜于训诂,摘其章句,而不能统其大义之所极,以获先王之心,此无异乎女史诵诗,内竖传令也,故使学者劳思虑而不知道,费日月而无成功。”
        西汉经学以利禄为荣,东汉经学则谶纬最甚
        西汉设立的经学博士对经学的兴旺起了很大作用,朝廷用利禄吸引知识分子的做法非常成功。《汉书·儒林传》说:“自武帝立五经博士,开弟子员,设科射策,劝以官禄……大师众至千余人,盖利禄之路然也。”颜师古也认为:“言为经学者,则受爵禄而获其利,所以益劝。”通经可以得爵禄高官,公孙弘、桓荣等人就是通过通经而发迹的。西汉元帝以后更有“公卿之位,未有不从经术进者”(《经学历史》)。因此世人有“遗子黄金满籝,不如一经”的说法。
        东汉谶纬之风最为严重,就连马融、郑玄这样的大儒也热衷于谶纬。刘申叔《国学发微》讲:“自汉武表章六经,罢黜百家,托通经致用之名,在下者视为利禄之途,在上者视为挟持之具。……及光武以符箓受命,…… 由是以谶纬为秘经,颁为功令,稍加贬斥,即伏非圣无法之诛。放一二陋儒,援饰经文,杂糅谶纬,献媚工谀,虽何、郑之伦,且沉溺其中而莫反,是则东汉之学术乃纬学盛昌之时代也。”

桓谭(约前24—56),沛国相(今安徽濉溪)人,西汉末东汉初哲学家、经学家。

        西汉经学经过四百年的发展,到东汉末郑学达到顶峰,经历了今文古文之争、齐鲁之争,受阴阳、五行、谶纬、政乱等多种因素的影响,形成了许多派别,但就两汉经学研究的整个方向来看,大体上仍是一致的,即两汉经学都以章句训诂为主,并主张经义的研究应该有益于社会的长治久安,人民安居乐业,因此特别推崇教化功能。