浙江山阴(今绍兴)人。字鹤卿,号孑民。光绪进士。1894年(光绪二十年)授翰林院编修。1898年任绍兴中西学堂监督,提倡新学。《辛丑条约》签订后,渐萌反清之志。1902年在上海组织中国教育会,任事务长;创立爱国学社,任总理。次年主编《俄事警闻》和《警钟日报》,揭露沙俄侵略,鼓吹反清革命。1904年在上海组织光复会,被推为会长。次年加入同盟会,为上海分部主盟员。1907年留学德国。1912年任南京临时政府教育总长,主张以军国民教育、实利主义、公民道德、世界观、美育五项为教育宗旨;提出修改学制、小学男女同校、废除祀孔读经等改革措施。同年7月因不满袁世凯擅权辞职,旋赴德国莱比锡大学世界文明史研究所工作。1913年秋去法国,后与吴玉章、李石曾等创办留法勤工俭学会,华法教育会。1916年冬回国。旋任北京大学校长,提倡“思想自由”、“兼容并包”,宣传劳工神圣,支持正在酝酿中的新文化运动。五四运动爆发后,保护爱国学生 ,被迫辞校长职。1924年在国民党一大当选候补中央监察委员。此后历届均被选为中央监察委员。1927年4月9日列名“护党救国”通电,10月任南京国民党政府大学院院长。后专任中央研究院院长。九一八事变后,主张对日抗战。1932年底与宋庆龄、鲁迅等发起组织中国民权保障同盟,任副主席。1940年3月5日病逝于香港。著作有《蔡元培选集》、《蔡元培全集》等。