诞生后，即以河合仙为母，取日本名宗之助。6岁随嫡母黄氏归香山原籍，入私塾，学名子谷。9岁时，父亲经营失败，自横滨率妻妾子女返回香山。子谷以日女私生子之身份，难容于苏氏家族。

12岁时，父亲赴沪经商，子谷留在香山，为族人虐待，被迫离家出走，至广州六榕寺落发为小沙弥。犯戒被逐，随姑母至沪投父，进入上海一所教会学校学习，读书刻苦，深为英文教师西班牙人罗弼·庄湘所钟爱。子谷学佛不成，又失父爱，遂萌返日寻母之念，乃随表兄林子恒东渡，回到横滨，在孙中山挚友冯镜如所创办的华侨学校——大同学校读书，学名子谷，号曼殊。入校后，“常于暇时绘僧像，学念经，以为荣。所着之衣，所剃之头，一举一动，酷类僧人。同学咸呼之曰 ‘苏和尚’”(苏曼殊侄苏绍贤回忆)。不久，与河合仙重逢，并同至河合仙的故乡相州逗子驿樱花村。第2年回国。

16岁，在广州白云山蒲涧寺出家，曾在附近一座废寺闭关半年。

17岁，重返日本，在大同学校继续读书，自修美术、诗词，并曾一度师从在此执教的梁启超。横滨是孙中山建立兴中会和中国民主主义革命家频繁活动的地方，大同学校师生中如汤国顿、冯自由等都是孙中山的追随者，有着“澄清天下之志”，况且苏曼殊“思维身世，有难言之恫”(《题拜轮集》)，所以在革命浪潮的推动下，他很快从一个不僧不俗的少年飘泊者，走上反清志士的道路。在“总角同窗”冯自由的介绍下，苏曼殊加入留学界的革命团体——青年会，并成为其中活跃的一员。当时曾有《以诗并画留别汤国顿》诗：“蹈海鲁连不帝秦，茫茫烟水著浮身。国民孤愤英雄泪，洒上鲛绡赠故人。”“海天龙战血玄黄，披发长歌览大荒。易水萧萧人去也，一天明月白如霜。”以鲁仲连、荆轲自况，悲愤壮烈，充分表达了他投身匡救大业的赴死之志。

光绪二十八年(1902年)，在大同学校毕业，进东京早稻田大学高等预科学习政治学。次年，转日本陆军士官学校的预备学校——成城学校。当帝俄侵我东北日亟之时，率先签名加入“拒俄义勇队”。夏秋之间，根据孙中山指示，廖仲恺、苏曼殊等，曾秘密在森林中，由黄兴教授射击等军事知识。“义勇队”后改组为“军国民教育会”。在日期间，还曾与章太炎、张继、赵声等相往还。

光绪二十九年(1903年)秋，返国。行前，包天笑有《送别子谷》：“激浪怒涛翻海水，腥风膻雨扑胡尘。低徊我自无言说，珍重前途为国民。”10月，到上海，任章士钊主持的《国民日日报》翻译，与陈独秀、柳亚子、何梅士等过从甚密。在日报发表文章、译文多篇，鼓吹反清，如宣传暗杀的《女杰郭耳嫚》等，并与陈独秀合作翻译雨果《惨世界》(后作《悲惨世界》)。12月，《国民日日报》停刊，苏曼殊到香港，持冯自由介绍信，访《中国日报》总编辑兼经理陈少白，“遂下榻焉。稚气未除，衣履不整，莫辨菽麦，性嗜闲食，行动怪诞，同事以其为书呆子，多不与语，独某君(陈少白)则勤招待，优渥备至。子谷在港，除某君外，别无友侣。”(王秋湄回忆)

光绪三十年 (1904年) 1月，在广州番禺金瓯山海云寺，拜智向铨禅师，受比丘戒、菩萨戒，皈依禅宗曹洞宗，法名曼殊。随即云游四方，飘蓬万里，先后到过南海波罗寺、韶关南华寺、衡山祝圣寺等处。3月，经香港到杭州，朝拜灵隐寺。然后到上海与旧友话别，启程去南亚各国朝圣。刘三有《送曼殊之印度》诗：“早岁耽禅见性真，江山故宅独怆神。担经忽作图南计，白马投荒第二人。”以东汉人西向求法，白马驮经故事相激励，期许极高。春，经川、滇出国，又经越南、老挝、缅甸，一路步行至泰国曼谷，驻锡龙莲寺，应邀在青年会讲学，并与当地僧众相辩难，现身说法，曼谷佛教界尊为曼殊大师。从名僧乔悉磨长老习梵文，称：“文词简丽相俱者，莫若梵文，汉文次之，欧洲番书，瞠乎后矣。”“梵文八转十罗，微妙瑰琦，斯梵章所以为天书也。”发愿作《梵文典》，在乔悉磨长老指导下，以两月之力拟就《梵文典》体例大纲。临行，乔悉磨长老赠梵文经卷多种，并鼓励道：“《梵文典》成，将为佛界添一盛事，千万努力!千万!”后又至锡兰，驻锡菩提寺。在一幅画上曾题词曰：“甲辰，由暹罗之锡兰，见崦嵫落日，因忆法显、玄奘诸公，跋涉艰险，以临斯土，而游迹所经，均成往迹。”苏曼殊继高僧法显、玄奘天竺求法壮举之后，只身徒步，万里投荒，穿越险山恶水，遭遇猛虎毒蛇，犯难图远，执意南行，倾其全部心力宏扬佛法，艰苦开拓中土佛教界与南亚诸佛国的交往之路，在佛教史上的贡献，为中国百年第一人。其执着与毅力，亦非常人所能及。

7月返抵岭南，旋至上海。秋，应邀在长沙实业学堂教授英文。同事有张继、杨德邻、杨守仁等。苏曼殊“除授课外，镇日闭门不出。无垢无净，与人无町蹊。娴文词，工绘事，然亦不常落笔，或绘竟，辄焚之。”并在明德学堂兼教图画。翌年暑期，去上海、杭州，挂单西湖白云禅院。后去南京，在陆军小学任教，结识赵声。赵声，字伯先，为著名革命家，时任新军标统。“余叹为将才也。每次过从，必命兵士携壶购板鸭黄酒。伯先豪于饮，余亦雄于食。既醉则按剑高歌于风吹细柳之下，或相与驰骋于龙蟠虎踞之间，至乐也”(苏曼殊自述)。赵死后，曾为作《荒城饮马图》。越一年春，又去长沙，复在明德学堂教授图画。同事有张继、王正廷等，学生有陈果夫。夏，到芜湖，任教皖汇中学。与陶成章、龚宝铨等来往。邓绳侯曾书赠苏曼殊：“寥落枯禅一纸书，欹斜淡墨渺余怀。酒家三日秦淮景，何处沧波问曼殊?”苏曼殊答诗云：“相逢天女赠天书，暂住仙山莫问余。曾遣素娥非别意，是空是色本无殊。”8月，到上海，与柳亚子、高天梅等缔交。

光绪三十三年(1907年) 2月，与刘师培、何震夫妇赴东京。船经日本九州西海岸平户岛时，见“郑公石”，相传郑成功即诞生于此石之上，作《过平户延平诞生处》：“行人遥指郑公石，沙白松青夕照边。极目神州余子尽，袈裟和泪伏碑前。”4月，加入章太炎所发起的“亚洲和亲会”，并拟与章太炎同赴印度，因斧资匮乏未果。夏，至日本相州逗子与河合仙、姐姐荣子重聚。河合仙为《曼殊大师画谱》作序云：“‘月离中天云逐风，雁影凄凉落照中。我望东海寄归信，儿到灵山第几重。’吾儿少不聪明，兼作疾病，性癖爱画，且好远游。……今夏重来，余白发垂垂老矣。及检其过去帖，见其友刘子(按：刘三，刘季平)所赠诗，有云：‘享君黄酒胡麻饭(自注：上人虽不饮，每过我家，必强以一啜云)，贻我《白门秋柳图》(自注：与上人同客金陵，上人手绘此图，精妙绝伦)。只是有情抛不了，袈裟赢得泪痕粗(自注：不知是何故)。’余询知其为思我及姐，亦下泪语之曰：‘吾儿情根未断也。’今吾儿又决心将谒梵土，审求梵学。顾儿根器虽薄弱，余冀其愿力之庄严。为诗一绝，以坚其志。”(周作人译)又赴淀江与河合若相会。有诗云：“柳荫深处马蹄骄，无际银沙逐退潮。茅店冰旗知市近，满山红叶女郎樵。”曾与章太炎在《民报》社同住。与章联名发表《赶告宰官白衣启》，反对清政府无理没收庙产;又作《儆告十方佛弟子启》，论佛教教义真谛，呼吁做真正佛教徒。在日期间，为《民报》撰稿、绘画，并著成《梵文典》8卷，章太炎作序，陈独秀称苏曼殊梵文研究为“千古绝学”。

光绪三十四年(1908年)在日本出版《文学因缘》。8月，返回上海。后又到杭州，在韬光庵居住，有《夜闻鹃声柬刘三》诗：“刘三旧是多情种，浪迹烟波又一年。近日诗肠绕几许，何妨伴我听啼鹃。”

宣统元年(1909年)，应佛学大师杨仁山长老、诗人陈三立之邀，至南京祇洹精舍，主讲梵文、英文。后去日本养病，在东京与沈兼士、罗黑芷等寄居小石川，并在章太炎所办梵文班讲梵文，后与陈独秀在猿乐町同住。遇调筝人(歌妓)百助枫子，彼此相恋，百助谅其“空门中人，未应蓄内”，含悲离东京他往。苏曼殊为百助绘弹筝图：《东方之花——百助女史》。又作诗18首，多哀婉凄绝。冬，经陶成章推荐，苏曼殊赴爪哇，任中华会馆教习。在舟中，以旧体诗翻译《拜轮诗选》，是拜轮诗歌的第一个中文译本，也是中国第一部译诗集。作《题拜轮集》：“秋风海上已黄昏，独向遗篇吊拜轮。词客飘蓬君与我，可能异域为招魂?”意在自况。稍后，又作《拜轮年表》。“苏曼殊还遗下了一个不太容易认的，但确实不太小的功绩给中国文学。是他介绍了那位《留别雅典女郎》的诗人BYRON给我们，是他开初引导了我们去进一个另外的新鲜生命的世界。”(张定璜《SHELLEY》， 1923年)苏曼殊又将英译汉诗和英诗汉译编集为《潮音》，在《自序》中称：“拜轮、雪莱是英国两位最伟大的诗人，同样创造性地把崇高的恋爱作为他们表达诗意的主题”，“但他们表达时的方式却有如南北两极遥远地离异着。”“拜伦的诗像一种有奋激性的酒”，“雪莱审慎而有深思，是一位哲学家的恋爱者，雪莱在恋爱中寻求涅槃 ”。这是中国最早的外国诗歌评论。苏曼殊舟中遇罗弼·庄湘博士及其女雪鸿，后译《燕子笺传奇》为英文，赠雪鸿为念庄湘序。雪鸿赠其西诗数册，后苏曼殊在致友人书中曾说：“每于榔风椰雨之际，挑灯披卷，且思罗子不能忘弭也。”

宣统二年(1910年)，加入南社。从本年5月至宣统三年(1911年)春，遍游中印度，参拜佛祖。“余至中印度时，偕二三法侣，居芒碣山中。山中多果树，余每日摘鲜果五六十枚啖之，将及一月，私心窃喜，谓今后吾可不食人间烟火矣。”后重至爪哇，12月返国。

辛亥光复后，会晤孙中山。时建国南京，固辞各方招致，不就官，称：“山僧日醉炉前，则亦已年!何遂要山僧坐绿呢大轿子，与红须碧眼人为伍耶?”章炳麟闻而赞之：“广东之士，儒有简朝亮，佛有苏玄瑛，可谓厉高节、抗浮云者矣!”孙中山称苏曼殊为“革命的和尚”。

1912年5月12日至8月7日，自传体文言小说《断鸿零雁记》在《太平洋报》连载。小说主人公，已遁入空门的年轻僧人——三郎，原有一未婚妻雪梅。父死后家运式微，生母亦无消息，雪梅之父遂爽前诺。而雪梅为一“奇女子”，不甘负约，三郎悲慨万端，不忍雪梅为其“郁郁而死”，“只好出家皈命佛陀，用息彼美见爱之心”。得知生母尚在日本之后，发愿寻母。雪梅赠以百金，助其东渡。在日本和生母、姨母团聚，原讹传三郎为山虎所噬，至此方冰释。樱山村会母一段，写得催人泪下：“甫推屏，即见吾母斑发垂垂，据榻而坐，以面迎余微笑。余心知慈母此笑，较之恸哭尤为酸辛万倍。余即趋前俯伏吾母膝下，口不能言，惟泪如潮涌，遽湿棉墩。”三郎在姨母处与表姐静子相见。静子“清超拔俗”，生母欲纳静子为三郎妇，静子亦赠以挑绣梨花笺示爱。但三郎已是槛外人，不能再落红尘，于是忍痛留书：“余实三戒俱足之僧，永不容与女子共住者也。”“今兹手持寒锡，作远头陀矣。”绝情而去。归国后，又获知继母力逼雪梅为富家媳，出阁前一夕，竟绝粒而死。三郎在斜阳丛冢中，苦苦寻觅雪梅，“踏遍北邙三十里，不知何处葬卿卿?”面对痴女子，“吾非木石，云胡不感?”但“断惑证真，删除艳思”，又为佛门清规所在， “儿女情长，殊堪畏怖”。三郎徘徊于“色”、“空”之间，宜其“弥天幽恨，正未有艾也”。《断鸿零雁记》是我国近代言情小说的开山之作，在人情与佛法的矛盾中，朦胧地表现着人性的醒悟，以及对合理人生的追求。

1912年5月至日本，后即往来于相州逗子海滨故居与上海之间。1912年12月至1913年夏，在安庆市安徽高等学校任职。时陈独秀为教务长。苏曼殊与郑桐荪(柳亚子妻兄)、沈燕谋等关系密切。1913年7月，就袁世凯窃国，在《民立报》发表《释曼殊代十方法侣宣言》，被称为《讨袁宣言》，传诵一时。讨袁运动失败后，作《南楼怀法忍》以励节操：“万物逢摇落，素娥耐九秋，缟衣人不见，独上寺南楼。”1913年11月至12月，在上海《生活日报》发表《燕子龛随笔》。1914年至1915年，在日本两年，与孙中山、肖纫秋、杨沧白、居正等相过从。1914年出版《汉英三昧集》。1917年秋，曾与蒋介石、陈果夫同住上海新民里。

诗以七绝最工。于右任评苏曼殊诗是“在明灵境中，尤入神化。”(《独树斋笔记》)郁达夫说：“他的诗是出于定庵的《己亥杂诗》，而又加上一层清新的近代味的。所以用词很纤巧，择韵很清谐，使人读下去就能感到一种快味。”(《杂评曼殊的作品》)

晚年寄情于文言撰作，多隐括身世，清丽凄婉，自成一格。除《断鸿零雁记》(1912年)外，尚有《绛纱记》(1915年)、《焚剑记》 (1915年)、《碎簪记》(1916年)、《非梦记》(1917年)、《天涯红泪记》(残稿)等。钱玄同说：“曼殊上人思想高洁，所为小说，描写人生真处，足为新文学之始基乎?”(《新青年》第3卷第1号，1917年3月)周作人说：“(苏曼殊)可以当得起大师的名号，却如儒教里的孔仲尼，给他的徒弟们带累了，容易被埋没了他的本性。”(《答芸深先生》，1927年)

1918年5月12日，以胃疾逝世于上海广慈医院。弥留之际，曾说：“一切有情，都无碍。”孙中山出资，命陈去病、汪精卫代为料理棺殓。

1924年6月8日，南社同人将其柩葬于杭州西泠桥侧，塔铭曰：“终隐浮屠，夙恋此湖，藏骨于此，可无惭于林逋。”(南社社员诸贞壮撰)。

全集、选集有：《曼殊全集》5册(柳亚子、柳无忌编，1928年)、《曼殊全集》(普及版，1933年)、《苏曼殊全集》(1936年)、《曼殊大师全集》(1947年)、《曼殊馀集》(柳亚子编，1940年)、《曼殊遗迹》(肖纫秋藏，柳亚子编，孙中山题签作《曼殊遗墨》，1929年)、《曼殊上人妙墨册子》 (蔡哲夫辑，章炳麟序，1919年)、《苏曼殊小说集》(1981年)，《苏曼殊小说诗歌集》(1982年)等。

年谱有：柳无忌编《苏曼殊年谱及其他》(1927年)、柳无忌编《苏曼殊年谱》(《曼殊全集》第4册附，1928年)、柳无忌编《苏曼殊年表》(《曼殊全集》第1册附)、柳亚子编《重订苏曼殊年表》(1931年)、文公直编《曼殊大师年谱》(《曼殊大师全集》附，1947年)、马以君编《苏曼殊年谱》(马以君编注、柳无忌校订《苏曼殊文集》2卷附，1991年)等。

纪念集、研究论文集有：柳无忌编《曼殊大师纪念集》(1943年)，柳无忌编、柳亚子著《苏曼殊研究》(1987年)等。

传记有：柳亚子《苏玄瑛新传》、黄鸣歧著《苏曼殊评传》(1949年)，柳无忌著《苏曼殊传》(英文本，1968年;中文本，王晶垚译，1992年)、宋益乔著《情僧长恨》 (1987年)，李蔚著《苏曼殊评传》(1990年)、王长元著《沉沦的菩提——苏曼殊全传》(1995年)、陈星著《孤云野鹤——苏曼殊》(1995)、邵盈武著《苏曼殊传》(1998年)、《苏曼殊传记资料》(台湾版)等。