刘永福的黑旗军是避居在广西边界的太平军余部,因采用七星黑旗为军旗,故称他的起义队伍为黑旗军。起义失败后,他率领部队至中越边境的保胜(今老街)建立根据地,正式创建“中和团黑旗军”。1873年12月,刘永福应越南政府之邀率黑旗军大败法军,击毙法军统帅安邺(Garnier,F),歼敌数百,收复河内。此后十余年,黑旗军与越南人民为抵抗侵略,团结战斗在红河两岸。1885年9月,黑旗军奉调回国,清政府电令云贵总督岑毓英要“熟思筹处”如何“妥善安插”刘永福这支黑旗军。刘永福被任命为福建南澳镇总兵,但大部分黑旗军不准带入关内,入关的三千人员也逐年被裁遣,后来只余六百人,可见清政府对这支农民军队时刻都在防范。1894年8月,中日战争爆发后,刘永福奉调帮办台湾军务,率黑旗军赴台,驻防台南。1895年4月《马关条约》签订后,台湾割让给日本。台湾人民誓死不当亡国奴,他们拥戴刘永福主持抗战。1895年8月,当日军进犯台湾中部时,刘永福派黑旗军支援义军,协同作战。日军进逼台南,刘永福率领黑旗军在众寡悬殊的情况下进行抵抗。当时台湾军民一再向清政府请求接济粮饷弹药,清政府怕得罪日本人,反而封锁沿海,严禁官民以台南接济。后来刘永福化装乘英轮逃回厦门,黑旗军不复存在。