书院的设立,自唐朝已开始,最初只是担任修书和侍讲的机构。宋朝以后,书院才成为私人或官府所设立的讲学的场所,但其设立目的多为讲论经籍或为参加科举作准备。到了清初,对书院进行了全面整顿,使之具有明确的目的和完善的制度。雍正十一年(1733)诏令于各省省会统一设立书院,由总督、巡抚认真执行,选举本省“文行兼优之士”到书院读书,以便为清廷培养人才。地方上自办的学院,要由督、抚审核。乾隆元年(1736)又诏令书院的院长、师长必须选派富有学识,能起模范作用的学者担任;学员也要具备“乡里秀异、沉潜学问”的条件。书院的设立,为士人提供了读书的场所,但其目的仍摆脱不了为科举作准备。如果想对学术上做进一步研究,仍须靠个人钻研。清朝的著名学者,多非书院出身。