将伊犁定为将军驻防之所,设将军一人、参赞太臣一人、领队大臣五人,分统满洲、蒙古、绿营、索伦、锡伯、额鲁特、回民诸营,以为边防扼要。在乌鲁齐设都统一人、副都统一人、提督一人,掌漠南军务。在塔尔巴哈台(今塔城),设参赞大臣一人,领队大臣一人。在喀什噶尔(今喀什布),设参赞大臣一人,帮办大臣一人。在叶尔羌(今莎车市)的西南和阗,皆设办事大臣各二人。在吐鲁蕃设领队大臣一人。在古城设领队大臣一人。
        乾隆二十三年(1758),授额敏和卓多罗贝勒仍兼参赞大臣,命进取回部,即回人酌量迁移,与绿营兵杂处。(祁韵土:《皇朝藩部要略》卷15)