顺治十七年(1660),九月二十三日,皇贵妃董鄂氏逝世。顺治帝极其悲痛,以宫女、太监多人殉葬。丧礼也超过了规定的礼仪:命亲王以下、满汉四品官员以上,并公主、王妃以下命妇俱于景运门内外齐集哭临,并辍朝五日,以蓝笔批奏折达四个多月。二十一日追封董鄂妃为皇后,二十六日行追封礼。九月十日将遗体火化。据《汤若望回忆录》记:董妃死“皇帝陡为哀痛所攻,竟致寻死觅活,不顾一切,人们不得不昼夜看守着他,使他不得自杀。太监与宫中女官一共三十名,悉行赐死,免得皇妃在其他世界中缺乏服侍者……另外新修两座装得辉煌的宫殿,专供僧徒作馆舍。按满洲习俗,皇妃的尸休连同棺椁,并那两座宫殿,连同其中珍贵陈设,俱都被焚烧。”
        同年十一月,顺治帝因痛董妃之死,拟逃世为僧,嘱僧人茚溪森为他削发。此事被茚溪森的师玉林琇知道,准备重处茚溪,聚薪烧死他。并劝顺治:“若以世法论,皇上宜永居正位,上以安圣母之心,下以乐万民之业;若以出世法论,皇上宜永作国王帝主,外以护持诸佛正法之轮,内住一切大权菩萨智所住处。”顺治帝从其谏,许蓄发,聚薪烧茚溪森事亦止。(《汤若望回忆录》)顺治十八年(1661)正月初二日,顺治帝出天花,初六日病重,遣内大臣苏克萨哈传谕:示城内除十恶死罪外,其余死罪罪犯悉行释放。召原任学士麻勒吉、学士王熙起草遗诏。初七日夜,顺治帝逝世于养心殿,在位十八年,年仅二十四岁。