清咸丰三年(公元1853年),曾国藩整顿水军,周清元应征入伍,成为千总杨载福的部下。杨载福在湘阴(在今湖南湘阴)时,就知道周清元有才干。萧捷三在湘阴做官时,也知道周清元十分勇敢,所以每次战斗都带他一道。
        咸丰四年(公元1854年),太平军占据了湖南湘潭,杨载福等率水师前去围剿。当时,太平军收集了民船数千只,旌旗如云,遮蔽两岸。清军水兵都是新招募来的,又刚刚在岳州(在今湖南岳阳)被太平军打败。此时,看见两岸战船密布,旌旗招展,内心十分害怕。周清元见此情景,便对大家说:“民船不能打仗,只要一把火就可以把它们全部烧完。”于是,他跟着杨载福向太平军发动猛烈攻击,直接冲向义军的最大的战舰,太平军猝不及防,慌乱之中抓起瓶瓶罐罐向清军投掷过来。周清元伸手接过掷来的东西又反掷过去,正好击中了义军的一员首领。杨载福乘机跃入义军战船,周清元也紧紧跟随着纵身跳入,将火球纷纷投向左右两边的船只。
        这时,正好刮起了大风,火焰熊熊燃烧,义军争相跳水。水兵们见太平军战舰起火,急忙操桨飞驰向前,分多路四处点火,把义军战船全部烧毁。