元世祖至元十二年(公元1275年),丞相伯颜奉世祖命令统率20万大军伐宋,并且指示可以选择一些一向享有声望,学识渊博,又能参赞军国大事的臣子随行。孟祺以承直郎,行省谘议参加了伯颜高级参谋的行列,并得到伯颜的信任。七月,焦山(在今江苏镇江长江中)之战,宋军水师几乎全军覆没,各路元军都想争着去攻占南宋都城临安(今浙江杭州),内心都希望多抢一些金银珠宝。伯颜问孟祺下一步该怎么办?孟祺回答说:“宋朝现在唯一的退路,只有逃到闽(今福建)地去,如果我们用兵急攻他们,宋朝君臣一定会很快逃走。他们一离开临安,临安必然会出现乱抢乱掠之事。这样,宋朝300年来所积蓄的珍宝文物,一定会毁于一旦,那就太可惜了。现在最好的办法,就是设法使宋朝君臣安下心来,只要让他们不害怕,他们就不会很快逃走,临安也就保全了。就像在树上摘果子一样,虽稍迟一些时日,但果实还会完整地落到我们手里。”伯颜说:“你的想法和我的想法完全吻合,就这么办好了。”于是写下书信,派人送到临安,转达世祖皇帝的旨意:只要宋朝君臣不战而归顺,则赵氏的子孙族属可保平安无事。宋朝君臣接到来书,决意投降,不再商量搬迁到福建的事了,临安也得以完整地保存下来。