“文化大革命”中,高等学校首当其冲,损失惨重。高等学校本科停止招生有4年之久(1966—1969),停止派出和接受留学生有6、7年之久,停止招收研究生达12年之久。从1970、1971年开始试点招收工农兵学员,每年仅招4万余人,后来略有增加。1971年全国教育工作会议通过了《关于高等院校的调整方案》,确定原有的417所高校,保留309所,合并43所,撤销中国人民大学、中国医科大学、北京政法学院、上海财经学院、暨南大学、华侨大学等45所,改为中等专业学校17所,改为工厂3所。这样,通过撤、并、迁、散等手段,共砍掉106所高校。北京市在1965年有高校55所,到1972年只剩下18所。其中被撤销的有中国人民大学等18所,被迁往外地的有北京农业大学等15所,还有7所高校被合并。江西省大多数高校被砍掉。原有的13所院校被撤并为5所,将江西工学院与江西大学理科合并,改名为江西理工科大学;江西师范学院与江西大学文科合并,改名为江西井冈山大学;江西医学院与江西中医学院合并,改名为江西医科大学。然后又将江西理工科大学迁到武宁县新城公社(后又迁景德镇市),江西井冈山大学迁到井冈山拿山公社,江西医科大学迁到吉安县青原山公社。连理工科大学、综合大学统统搬到农村办学。福建省高校也遭空前破坏。到1970年,原有的10所高校,只剩下3所,在校学生仅735人。福建师范学院从20年代开始搜集的动植物标本全部毁光:3万多块国内外岩石和矿物标本被拿去填坑铺路。浙江省高校遭破坏后,到1971年在校学生仅2959人,少于1949年在校学生数。上海市1965年有高校24所,1972年减少到16所。本专科在校学生人数从1965年的52013人,下降到1971年的3510人,降到建国以来的最低点。
        各类高等院校几乎都受到冲击和摧残。农业院校损失惨重。原有的17所农业院校,有23所搬迁45次,搞得校无定址,人无定成,教无定所。在“砸烂公检法”的口号下,4所政法院校全部被撤销,中断招生,直到1973、1974年,吉林大学、北京大学法律系才先后开始恢复招生。高等财经教育也陷于绝境,18所财政院校被撤销16所,只剩下辽宁财经学院、湖北财政专科学校。全国艺术院校全部停办,校舍被占,原有教材被禁用,教师被赶出校门,到1972年才恢复了少数院校,招生人数极少。从1966年至1971年,体育学院的教学工作基本处于停顿状态,大部分体院被合并、撤销。高等理工院校专业设置遭到严重破坏,推行“结合典型任务进行教学”,专业划分得很细,专业范围越来越窄,产品类型的专业增多,专业名称也异常混乱;很多理科专业被取消,或者“理向工靠”。大学文科专业更是被大砍大并,搞所谓“三合一”、“五合一”,弄得一片混乱。高校的社会科学研究工作几乎全部停顿,人员下放,图书损坏,资料中断,文物破坏。高校的图书馆多数被关闭,很多图书资料被当作“封、资、修”毒草而遭封存以至焚毁,长期连续订购的书刊资料中断。
        乱撤乱并高等学校,造成各条战线人才奇缺,青黄不接,后继乏人,极大地损害了教育事业的发展。