“文化大革命”开始后,全国范围内就掀起了“横扫一切牛鬼蛇神”的运动,很多人横遭人身凌辱和伤害,学校中不少干部、教师被隔离审查。
        60年代末70年代初,在全国范围内开展了一场声势浩大的“清理阶级队伍”运动,大批干部、教师受到令人发指的摧残,不少教授、副教授和在学术上有成就的知识分子被诬称为“反动学术权威”,横遭批斗。
        据1980年11月5日高检特别检察厅关于林彪、江青反革命集团起诉书中的统计,仅教育部所属单位和17个省、市教育界受诬陷、迫害的干部、教师就有142000多人。卫生部直属14所高等医学院校674名教授、副教授中,受诬陷迫害的就有500多人。全国高等学校1965年有教授、副教授7800人,1977年减少到5800人,有些人就是在此期间受迫害致死的。仅陕西一省,高校中被“立案审查”的教师就为3838人,占1969年全省高校教师总数的53.6%。其中教授、副教授和高级工程师678人,讲师952人。
        另据上海统计,在高等教育界,被迫害、“立案审查”的达8548人,其中局级干部157人,处级干部367人,正副教授962人,被迫害致死的371人。有11名高校党委书记、校长被迫害致死。上海音乐学院教职工共700多人,受迫害干部、群众竟达254人,占全校总数的1/3以上。华东师大的校系两级100多党政干部都被“扫地出门”。上海第一医学院有3位副院长,都是全国人大代表、一级教授,均被迫害致死。
        在清理阶级队伍运动中,中小学教师也横遭迫害。天津市区中小学教职员被审查的有3756人,占市区中小学教职员工总数的33.13%。市内6个区被审查的对象中有35%的人被关进“牛棚”,有23%的人被批斗。四川省中小学干部、教师被“立案审查”的就有31193人,其中被迫害致死的有1822人,被开除的有4866人。
        这场清理阶级队伍运动一般历时一年有余,到1969年下半年才基本结束。但不少人一直受审好多年。
        下放“五·七”干校或下放农村插队落户,是对学校干部、教师打击、迫害的另一种形式。让知识分子去从事繁重的农业生产劳动,摒弃知识和技术,荒废学业和业务。这种惩罚方式,使知识分子更加难以忍受。1968年10月以后,根据毛泽东关于“广大干部下放劳动”的指示,开办“五·七”干校之风顿时席卷整个中国大地。北京大学、清华大学工军宣队将学校大批干部教师赶到江西鲤鱼洲劳动改造,那里是血吸虫的重疫区,不少教师由此得了血吸虫病,丧失工作能力,有的还丧失了生命。造成很恶劣的后果。