1950年6月1日,在第一次全国高等教育会议上,马叙伦部长明确指出:“我们要在统一的方针下,按照必要和可能,初步调整全国公私立高等学校或其某些院系,以便更好地配合国家建设的需要。”这是建国后首次提出院系调整的任务,开了有计划进行院系调整的先声。此后,中央教育部从当时的实际出发逐渐提出院系调整的一些具体原则,并依此对部分大学和高等专科学校作了一些调整。1951年起,逐渐在全国范围内开展了有计划、有重点的院系调整。1952年5月,中央教育部草拟了《全国高等院校调整计划(草案)》,系统地提出了调整原则。据此,从1952年夏季起至1953年,全国高校进行了一次院系大调整,从此奠定了我国高等学校的基本格局。这次调整规模较大,调整学校的总数占全国高校总数的四分之三。至此,全国高校可以说业已基本上完成了院系调整任务,结束了院系庞杂、设置分布极不合理的状况,走上了适应国家建设需要培养专业人才的轨道。
        但是,这次院系调整也存在一些问题,主要是:①要求过高过急,在一定程度上影响了高等教育的质量。在调整过程中,有些院校独立的过早,以致某些独立出来或新设的院校,内容不充实,而同时却使调整后的个别大学的力量被削弱,被分散,弄得两头都不易一时办好。在某些地方,调整时未能照顾到某些大学的原有的特点和学科特长,或者把某些重要系科连根拔掉。②对院系设置的历史经验和苏联、欧美的教育制度,缺乏认真系统的研究和辩证的分析,过于机械地照搬苏联的做法。如完全否定“通才”教育,致使理工分家,专业分得过细,就对后来高等教育的发展带来了不利影响。③文法、财经等系科被砍得多了。1950年财经系科招生9352人,占校招生总数的16.03%,1951年招生7726人,占招生总数的14.95%,院系调整后,招生数量大为减少,1952年财经专业招生4700人,占招生总数的5.96%,1953年招生2365人,占招生总数的2.9%。再如,1949年全国设有政法系科的高校共53所,在校生7338人,1952年院系调整后,在校生下降为3830人,仅占大学在校生总数的2%(1947年大学政法系科在校生共37682人,占大学在校生总数的24.33%)。