蔡元培一生的教育理想就是要使教育独立。为此,他在教育中的改革措施主要在于推行从法国学来的大学院制和大学区制。他鉴于过去在北洋军阀统治下,教育横遭干涉,备受摧残,教育部也变成了腐败的官僚机构的现实,于是改教育部为大学院,想采用大学院这种教育行政制度使教育独立,避免受政潮的影响,使教育学术化、反对教育机关的官僚化。大学区制是与大学院相配套的学校系统的管理体系,主要是由一个以大学为中心来管理一个学区的各学校的方式,也是法国的教育行政制度。但是,蔡元培对当时我国半殖民地、半封建社会的性质认识不清,对封建官僚制度的深厚的社会基础认识不清,所以,大学院,大学区制在法国这样经过彻底的资产阶级革命,铲除了封建官僚制度,教育和政治已有相当基础的国家,能够行之有效,但在中国则根本行不通。在北洋军阀统治下如此,在国民党新军阀官僚统治下亦复如此。
        大学院成立后,因各抒己见,怀疑非议者颇多。大学院冠以中华民国,虽然实际上为国民党政府的一部分,而又企图独立于政府之外,与教育部完全隶属于政府者不同,同时,教育机关与行政机关混合为一,又与教育部之纯为行政机关不同。这是大学院的两个特点,其受人攻击也在于此两点。1928年2月,国民党二届四中全会时,即有人提出大学院是想脱离政府,与民国政府并列,要求取消大学院,设立教育部。大学区的情况也差不多。蔡元培原来以为,实行大学区制以后,“教育行政与学术打成一片”,教育可以学术化,行政可以独立,事权可以统一。但新制试行不过一年,不仅未能使行政机关学术化,而且反使学术机关官僚化,从而非难的声浪四起,尤以中央大学区的教育界反对最为激烈。1928年6月,中央大学区中等学校教职员联合会发表一项宣言,指出盲目照搬大学区制,弊多利少,名为事权统一,实则互相牵掣;名为通盘筹划,实则偏枯专荣;名为精神集中,实则散漫懈弛;名为教育独立,实则卷入政潮,谋求大学区制的最大目的是使政治学术化,但实行的结果,却使学术官僚化。还有的人以为大学区制将培养人才与支配人才合为同一机关,易于造成学阀,使教育腐化而不易改造。
        正当大学院面临取消,大学区制遭到强烈反对的时候,蔡元培和李石曾因北京大学名称的存废和设立北平大学区问题发生了意见冲突,加速了大学院和大学区制的取消。李石曾在“四·一二”中为蒋介石出过大力,是维护新军阀的专制统治的,他为了控制北方教育,决定利用蔡元培的大学院制和大学区制,把北方教育纳入新军阀的统辖之中,于是提出更改北京大学校名为北平大学并设立北平大学区。而蔡元培则鉴于江浙地区试行的结果、问题甚多,而北平大学区设立的旨意又与他原来主张实行大学区制的思想相背离,因此表示反对。由于李石曾得到蒋介石国民党的支持、结果通过了他所提出的《北平大学区组织大纲》,设立北平大学区。
        蒋介石袒李抑蔡,显然是由于他政治上的需要,因为像蔡元培这样有民主思想的人,是不可能受到蒋介石的重用和信任的。蔡元培谋求教育独立和教育学术化的理想不能实现,使他对现实产生失望,李石曾的权力野心,也使他感到可憎,蒋介石袒李抑己,更增加他政治上的不满。于是,他辞去了国民党中央的一切职务。
        北平大学区通过以后,李石曾便从南京来到北京,准备接管北平大学区。他到北平时,北平各院校反对大学区组织的风潮已风起云涌,其中以北京大学学生最激烈。北大师生宣布停课护校,反对接收,并组织武力护校团。五百余人手执“打倒北平大学”等旗帜,举行游行示威。队伍行进到怀仁堂西四所北平大学校长办公处时,求见负责人不得,群情激愤,将办公处捣毁,并将门前所悬招牌摘下砸烂。随后,学生又转至李石曾和副校长李书华的住宅,将门窗砸坏。李石曾派军警数百人保护接收人员往北大接管,亦被武装学生赶走。李当即以下列四项通告北大“(一)本大学奉国府会组织,如违抗即反国民党。(二)保存北京大学旧名,有封建腐化之嫌;(三)护校重在精神,不在一字名称。(四)接收后立即开课,各生以前轨外运动概不追问”。同时,北平政治分会令北平市府将北大学潮为首者速拿法办。但是李石曾的这些镇压措施丝毫无效,北平大学区成立数日,迄无一日宁息。
        鉴于中央、北平两大学区反对新制运动的激烈,1929年6月17日,国民党三届二中全会第四次会议议决由教育部定期停止试行大学区制。7月5日,教育部正式命令北平,浙江两大学区于本年暑假停止,中央大学区限于年底停止,并重设教育厅。以后各大学区相继停止。大学区制施行先后两年,至此完全取销。
        蔡元培的教育实践说明,想搬用外国的教育行政制度来谋求实现教育独立,是行不通的。这不仅因为它不合中国国情,而且还在于:教育总是要从属于一定的政治,为一定的政治服务的。教育是国家内政之一部分,无论什么国家,当政者为贯彻其政治主张,必然要使教育为其所支配。其实,即使法国那样的实行大学院和大学区制的所谓“教育独立”的国家,其教育也是从属于其政府及其政治的,只是采取了合乎他们的国家政形式的形式而已。因此,教育实际上是不可能完全脱离政治而独立存在和发展的。蒋介石国民党也根本不会容许教育超轶其政治轨范之外。南京政府成立后,即提倡所谓“党化教育”(1928年改为“三民主义教育”),蔡元培任大学院院长时,虽表示不赞同,但也不得不予以实施,就清楚地说明了这一点。1927年12月,蔡元培曾和孙科联名向国民党中央提出《教育经费独立案》,后来,上海、北平等地教育界人士、为了使教育经费免遭国民党军阀官僚侵蚀、保障教育事业不受摧残,在蔡元培支持下,又倡议争取教育经费独立,仅此一点,也迄未能实现。
        大学院的的取消和大学区制的停办,是蔡元培生平教育理想的一大失败。