康熙五十年,又发生了轰动一时的江南科场案。九月九日发榜之时,人们发现,历来出文人的苏州府只上榜十三人,有些文人荟萃的府几乎无人入榜,而扬州盐商子弟却占了大多数(当时的扬州盐商,是国内最富有的商人,但一直为士人所瞧不起),于是群情大哗。苏州诸生一千多人,制作了五路财神像抬入府学明伦堂;还有人把贡院的匾额糊成“卖完”二字;还有人贴上“赵子龙一身是胆,左丘明两眼无珠”的对联,以讽刺左必蕃、赵晋两主考公然纳贿,录取私有。两江总督噶礼因事先与左、赵两主考狼狈为奸,收了盐商的大量贿银力压下去。奉命前往处理此事的吏部尚书张鹏翮,因为任安庆知府的儿子是噶礼的手下人,因而也帮助噶礼掩盖。凑巧,江苏新巡抚张伯行也在这时到职,他因为与此案毫不牵连,又想在初上任时提高自己享誉已久的清官名声,决心查个水落石出。张伯行查出了噶礼涉嫌的部分事实,立即上折。噶礼依仗自己是旗人,又是张伯行的上司,便罗织一些罪名,反弹张伯行。于是,科场案变成了官场内部正邪斗争的大案。由于噶礼、张伯行互相弹劾,康熙帝一时难辨真伪,就把两人同时解职,仍让张鹏翮等人审理此案。张鹏翮此时更大胆包庇噶礼,诬告说张伯行对噶礼的弹劾全是假的。康熙帝又命穆和伦、张廷枢两大臣再审,他们草草地审了一下,论定张鹏翮的结论是正确的。一桩颠倒黑白的冤狱眼看就成立了,幸亏康熙帝心细,知道张伯行素有第一清官的名声,结论必有问题,又命九卿大臣与司法、审判、监察机构的主管官员再次会审。这次终于察出实情,噶礼被革职,张伯行复任。查到的主要行贿情节有,歙县举人以八千两银子贿买,主考官收贿银八百两,赵晋也直接收贿。此案处理的结果,赵晋等三人处斩,另两人畏罪自尽,还有多人被流放。左必蕃未被查出受贿活动,只予革职。这一大案判决之后,又牵累了八年前的状元王式丹。他因为与赵晋是同年,恰病假在家,曾至狱探望赵晋。赵晋第二天就被处死了,然而传出一种流言:王式丹探监,是企图用生病的老仆把赵晋偷换出来,偷换未成,老仆已外逃。于是,王式丹被关入监狱,并通缉那个“出逃”的老仆。通缉几年没有结果,王式丹才不明不白地被释放出来,这又算是科场案节外生枝的余波。
        封建时代的科场案件,普遍都有夸大和从重的趋向,这主要是因为,科场选人不仅是一个人才选拔的问题,不仅关系到统治人才的质量和封建国家的统治基础的问题,更为重要的是因为科场选人是直接与统治阶级不同的政治利益相联系的,它所反映的是统治阶级内部的政治斗争,而普通读书人则往往不知不觉成为这种斗争的牺牲品。所以竟至有人翻致流传极广的《功学诗》,写下这样悲愤的诗句:“少小休勤学,文章误了身,辽东三万里,尽是读书人!”(辽东指今吉林、黑龙江一带。明代这里人烟稀少,是犯罪官员充军做苦役的地方。)