明朝中后期,政治日益腐败、思想控制愈益加强,特别是严嵩当政、宦官魏忠贤专权,特务遍地,牢房私设,不许自由讲学。以自由讲学为标榜,以评议时政为己任的书院讲学受到严重摧残,书院被四次大规模禁毁,可说是教育史上的惨案。
        第一次是因著名理学家,南京史部尚书湛若水而起的。湛若水是振兴明代书院教育的著名人物,生平足迹所至,必建书院讲学以纪念其老师陈白沙。跟从他学习的人遍布全国各地。嘉靖十六年(1537)御史游居敬上书皇帝,指责湛若水宣传非正统的私家学术,并广泛招收不务正统学业的学生,私自到处建立书院,不利于政治安定和思想统一,于是,四月下令关闭各地私人设立的书院。
        第二次是嘉靖十七年(1538),吏部尚书许缵以官办学校得不到修缮,而多建书院,征取各属师儒赴院会讲,动费万金,并且扰乱科举(因为书院教育大多反对钻研科考)耗财扰民,申请毁禁天下书院,诏从其请。这次受害的主要是官办书院。
        第三次是万历七年(1529)张居正当国,他认为书院讲学一是“空谈废业”,二是“摇撼朝廷”。他认为,自古圣贤都是以经术教育培养和选拔人才,国家也规定要以学习经典来培养人才,如果能理解经典,并加以自觉体会,就是讲明学问了,何必要树立不同学派、各聚集一些人,各讲不同呢。因此,他要求“不许在官办学校之外另外建立书院,招收学生,及地方上好逸恶劳的人讲学空谈、不务正业。”认为如果让书院讲学自由发展,必然会导致很多求学的人以奇谈怪论为学问的现象,其恶果,大则扰乱政治,混淆是非;小则虚伪造作、沽名钓誉。并以当时常州知府施观民科敛民财,设立书院一事借题发挥,一面将施坐罪革职,一面以皇帝的名义下令毁禁天下书院,自应天府以下共六十四处,全部改作地方政府办公用。这是明代毁废书院最严厉的一次。
        第四次天启年间,宦官魏忠贤专政时,是因东林书院而起的。万历三十二年(1604),顾宪成、高攀龙等重建东林书院,设讲会,每月一小会,每年两大会。讲学精神提倡名节道义,抨击朝廷政治、评议当朝人物,将学术活动与政治斗争结合起来,抨击魏忠贤阉党乱政,得到当时正直而不得志的知识分子的普遍同情和支持,朝廷里不满魏阉专权的人物,如邹元标、赵南星、左光斗等也在舆论上与他们遥相呼应,从而在朝野形成了以正直的知识分子为主的政治反对势力,被世人目为“东林党人”,朝廷里对他们亦有畏忌。天启五年,魏忠贤借事迫害,大兴狱案,捕杀东林党人,将天下讲会书院视为东林同党,并矫旨禁毁天下书院。明代书院教育受到严重摧残,从此一蹶不振。
        观此四次禁毁书院,其共同之处皆为加强其专制统治。专制主义与学术自由是水火不相容的,在专制主义统治下,是没有学术自由可言的,尤其是学术自由要关心时政的时候。