元代政治上的种族歧视在科举上也有明确的反映。蒙古人、色目人与汉人、南人在考试政策、内容、方法、结果、任用等方面都有着民族的差异。
        元朝科举沿用宋金科制,每三年一次,分乡试、会议、殿试三级。乡试时,蒙古人、色目人只试经议、对策二场;而汉人要加试一场,为赋与杂文各一篇。会试内容跟乡试一样,取进士百名,蒙古、色目、汉人、南人各占二十五名。殿试在同年三月举行,试策一道,蒙古、色目人的题目与汉人、南人不同。殿试不黜落,只定名次。
        殿试结果分左、右两榜公布。蒙古人、色目人列右傍(元代以右为尊),汉人、南人五十名列左榜。这无疑是金代科举南北选、女真进士科办法的延用。其目的是保护蒙古、色目民族的特权地位。
        元代科举体现的民族不平等差异是巨大的,左右两榜数量名义上相等,而汉人、南人的合格总数却不知要比蒙古、色目人超出多少倍,于是元统治者常常采用缺额的办法来保持平衡。从延祐二年(1315年)开始科考到元代灭亡的五十二年间,共举行十六届科举,仅元统元年(1333年),至正十一年(1351年)两届取足百名进士,其余十四届均有许多空缺。例如延祐二年首科会试参加者仅举人一百三十五人,不足三百人名额之半;而从中录取进士仅五十六人,略过百人名额的半数。其经常空缺名额的原因,并不是汉人、南人中缺乏合格的人选,只是因为蒙古人、色目的考生中实在难以选满一百五十个乡试名额及五十个进士名额,那就只能让汉人、南人的乡、会试名额空缺同样的数量,维持四等人入选数量的均衡,以防止汉人、南人占有科举优势。
        名义上,左右两榜的第一名都算状元,但实际上只有右榜的蒙古人、色目人的状元才算真资格,左榜汉人、南人的状元朝廷是不重视的。蒙古人才被称为“国人”,至正十一年蒙古人朵烈图考中右榜状元,当时一教育家程端礼曾记载道“唯蒙古生得为状元,尊国人也”(《送杂部中使还序》)可见汉人、南人的左榜是不算数的。
        蒙古人、色目人的试题难度低,考试也少一场,但授官职却比汉人、南人高,而且蒙古、色目考生愿参加汉、南人同样难度的考试,中选后更加一等授官。
        元朝还仿照宋朝“特奏名”办法,对屡次会试不中的举人予以特优,委派各地作学官,但蒙古、色目人与汉人、南人也并不同样对待。蒙古、色目人年三十以上,并两举不第者与教授,以下与学正、山长;汉人、南人年五十以上,并两举不第者与教授,以下与学正、山长。蒙古、色目人在年龄上比汉人、南人优先二十年。
        汉、南人即使中进士入官以后,要想升转迁官也很困难,往往数十年沉沦下僚。终元之世,科举世身的汉、南人即使是左榜状元,也难以在政治上担任什么要职,发挥大的作用。
        元朝科举不仅对蒙古、色目考生多方优待,对汉、南人考生严加限制,而且还故意在左榜汉、南人中间制造隔阂,挑起矛盾,让汉人压制南人。由于江南地区经济文化较发达,进士科举多半为南方人囊括,这种经济文化的南北差异在元代进一步扩大,而元代科举既规定南人只占左榜名额的一半,并且左榜状元也不取南人。至正八年(1348年)会试中,王伯恂试卷被主考赞为天下第一奇才,列为左榜第一,其他考官则说王是南人,要降其名次,争论不休,最后发榜,王伯恂竟然落第;有一位江南才士鲁钝生,十岁即能写古诗古歌,成学后对《春秋》学也很有造诣。他曾经很自负地说:“要是我出身在塞北(即为蒙古,色目人),夺取科第桂冠就像从地上拾芥一样轻松。”但不幸身为南人,孤寒无依,终身落魄于江湖间。
        元代这种对于人才的民族歧视的政策,阻碍了统一的多民族国家形成的进程,同时也限制和直接削弱了元代统治的社会基础,而未能像后来的女真贵族那样建立起一个统一多民族的庞大的满清帝国,却成为历史少有的几个国祚短暂的王朝之一。