王安石变法,以教育改革为突破口,对太学进行了一系列的改革。首先即是铨选学官,罢除对新法有疑议的名臣旧勋,如富弼、韩琦、文彦博、苏辙、苏轼等,提拔一批拥护新法的心腹,如吕惠卿、陆佃、叶涛、沈季长、曾布、曾巩等为学官。这一措施,本来是为了加强对教育改革的领导,结果却加剧了矛盾和改革队伍的分化。一方面,任用亲信,助长了奔竞之风,致使当时科考题目都要求首先必须对新政和新政人物大唱赞歌,阿谀奉承成了科考的起码要求,给趋焰附势的小人以可乘之机,钻进政权的核心。叶祖洽首先迎合了这种做法,考了第一。从此知识分子风气大坏、互相追攀,人才质量急剧下降。另一方面,也招致了更多的人对新法的误解、不满和攻击。为了进行压制,竟数兴太学疑狱,许多师生因而遭到迫害和非人的待遇。刘挚《论太学狱奏》说:“当时是因根勘株连取证的人,以成千上万计,不论有罪无罪,都一例被鞭打一通。痛苦的呼叫声传到墙外,令听到的人都两腿发颤。”《宋史·蔡确传》记载道:“太学生虞蕃告发学官,蔡确去审案,结果牵涉株连,翰林学士许将以下许多人,都被逮捕、通缉,受到刑罚严峻拷打,并令役卒让他们住在一起,吃的东西十分肮脏。吃饭的时候把一个大木盆放在众人面前,把羹、饭、饼、菜等投在里面,再用杓子搅混,分给他们吃,像饲养猪狗一样。这些人被长期关起来,并不审问他们的案情。”
        王安石教育改革的基本思想是切中时弊的,对太学的整顿、改革和发展,也是有不可磨灭的贡献的,但许多具体措施、政策却是错误的。特别是排斥异己,重用亲信,专任己意,而当矛盾激化时,更采取残酷的镇压措施,致使其教育改革丧失了很大的社会基础和舆论理解,也正是其教育改革最终失败的重要原因之一。