明初江西书院很不景气。洪武、永乐年间,朱 明政权的文教政策走向专制。明廷尊孔崇儒,以程 朱理学为指导思想;治世用文,选择文士为官吏; 实行文化专制,屡兴文字狱。学术事业的发展倍受 摧残。正如顾炎武在《日知录》中所讲的,“自八股 出而古学弃,《大全》出而说经亡”。洪武、永乐两代 重视官学,对书院采取冷落的态度。而江西、由于 反对派较多,则倍受冷落。自洪武到永乐近六十 年,江西只新建二十八所书院,修复十余所,像南 昌这样的中心城市连一所书院也没有。
        明初江西书院冷落的局面,在洪熙以后逐渐 有所缓解。一个比较突出的事件是“鹿响再振”。白 鹿洞书院在元末为兵火所毁,明初,其废址仅仅作 为“昔贤遗教地”,供文士们徘徊仰止,感怀咏叹。 但也因为有这批当时有较高地位的文人、墨客前 往白鹿洞凭吊古迹,结社唱和,因而后人称之为 “鹿响再振”,为后来的重建洞学作了舆论准备,也 为明代江西书院的重修发展作了准备。洪熙以后, 明初的动乱已经过去,内部逐渐趋于稳定,过去的 高压政策也开始缓和,新建和恢复了许多书院。在 洪熙至弘治的八十余年间,江西书院的数量虽没 有大量增加,然而诸如濂溪书院、白鹿洞书院、象 山书院、鹅湖书院、槐堂书院等著名的书院由地方 官吏,甚至高级官吏带头倡复,这不能不意味着明 廷对书院在政策上已有松动。进入洪熙以后,江西 的地方官吏带头兴复,创建了许多书院。翟溥福、 李龄、苏癸、邵宝、韩雍、姚堂等人在这方面都发挥 了不可忽视的作用。其中翟溥福对白鹿洞书院的 修建最有影响。正统三年(1438),翟溥福重新修建 久已荒废的白鹿洞书院。这次重建白鹿洞书院,基 本上恢复了宋元原貌,但所建殿宇名称上略有差 异,将礼圣改为大成。另建先贤祠(又称三先生 祠),祀李渤、周敦颐、朱熹,并以程颢、程颐、张载、 陈瓘、刘涣父子配享。翟溥福重建白鹿洞书院,系 地方官员捐俸为倡,率星子、都昌、建昌三邑人士 集资修建的,所以白鹿洞书院并未列入朝廷官学 建制,仍是地方人士公建的“乡党之学”。翟溥福对 于白鹿洞书院的重建是“鹿响再振”的实践。他在 江西、在全国,为书院的兴复起了带头作用。他使 白鹿洞书院开始了一个新的阶段,奠定了明清白 鹿洞书院建设规制的基础。
        洪熙以后,明廷在书院政策上的松动,使书院 得以开展正常的学术活动。当时,江西吴与弼、胡 居仁、娄谅等人创办书院及讲学活动颇为著名。
        明代,江西讲学的大师首推吴与弼。吴与弼 (1391—1469),字子傅,号康斋,崇仁人。吴居于乡 间,自食其力,弟子从游者甚众,遂修小陂书院。这 是所既要劳动,又要读书的书院。吴的讲学,史称 其开“崇仁之学”。吴与弼的理学,讲的是身心修 养,是通过履践和读书来修养身心。这是明代王学 的发端。其高足有陈献章、胡居仁、胡九韶、娄谅 等。
        胡居仁(1434—1484),字叔心,号敬斋,江西 余干人。胡居仁是小陂书院最著名的弟子。他安心 山野,以颜渊为榜样。后来,他也用这个榜样来感 召学徒。应江西提学佥事李龄与钟成之聘,于成化 三年(1467)与十六年(1480),他前后两次赴白鹿 洞书院掌教。在此期间,胡居仁重建了白鹿洞书院 的各种规章制度。他制定的《续白鹿洞书院学规》 六条,其纲目如下:“其一:正趋向,以立其志。其 二:主诚敬,以存其心。其三:博穷事理,以尽致知 之方。其四:审察几微,以为应事之要。其五:克治 力行,以尽成己之道。其六:推己及物,以广成物之 功。”这是继朱熹手订《白鹿洞揭示》以后影响最大 的白鹿洞书院学规。胡居仁在白鹿洞书院亦留有 诗文和讲义,其著作多保留在《敬斋集》中。
        明正德、嘉靖年间,江西书院的发展在前段的 基础上进入高潮。这时,由于科举腐败、教育空疏、 科举八股中又有种种弊病,如贿买、钻营、递卷、冒 名顶替等作弊行为的产生,以致造成中举者竟有 不知史册的名目、朝代的顺序、字书的偏旁的怪 事,因此一些理学家便开始在书院中讲解理学,书 院由此发展起来。正德元年至嘉靖四十五年 (1506—1566),共计六十一年。在江西平均每年兴 复或新建两所多书院。从数量上说,应是空前的。 从书院的教学活动看,江西王学特别活跃,产生了 讲会式的书院群体,在全国也处于前列的。王阳明 和湛若水是明代有名的两位理学大家。江西是他 们主要活动场所。两人有着很深的友谊,都喜欢建 立书院,还经常互相讲学,不少弟子跟随其后,设 讲坛,聚众会讲,更使书院讲学之风盛行于世。王 阳明把课程分为三类:诗歌、习礼、读书。他认为学 生每天的课程分成五节为宜:第一考德;第二背 书、诵书;第三习礼或作课艺;第四复诵与讲书;第 五歌诗。这些不能不说是江西书院的一大特色。
        隆庆、万历之际,江西书院承前余绪继续发 展,虽遭张居正、魏忠贤废毁书院的打击,直至明 末,才因整个局势的败落而走下坡落。明末,随着 王学渐衰,在江西书院出现了“时文”(即应科举之 “八股文”)的聿兴。艾南英、陈际泰、章世纯、罗万 藻皆抚州人士,以“时文”巨匠名扬四海。这就表现 了士人求学目标的变化,亦为清代江西书院沦为 科举的附庸打下了基础。