清初统治者不敢提倡书院。因为,他们害怕明 朝官民议论朝政,广聚生徒,激起反清思想。顺治 间清廷对书院严加控制,就江西省而言,新修书院 很少,只是在地方官蔡士英等人的组织下,于顺治 十年(1653)前后,将白鹿洞、鹅湖、白鹭洲、文教所 谓四大书院依次恢复、整理、聘师、开讲。这时江西 明代遗民的私人讲学很盛,如三山讲学:宋之盛等 星子学者、魏禧等宁都学者、谢文洊等南丰学者, 不仕新朝,安于邱园讲学聚徒,建立书堂、书院。
        康熙年间,江西书院有了很大的发展,新建了 大约六十一所书院。其中比较有名的豫章书院,是 由巡抚直接掌管的省城书院。信江书院、曲江书 院、钟灵书院、紫阳书院也是建于此时的名书院。 这个时期,前朝的旧书院亦有新发展,首先承其 “恩泽”的是白鹿洞书院。这些与清廷对江西书院 的关照是分不开的。尤其在康熙皇帝的亲自关心 下,清代江西书院得到很大发展。史载:康熙曾赐 豫章书院扁额。又载:康熙二十五年(1686),玄烨 亲书匾额“学达性天”赐予白鹿书院。康熙之于江 西书院优厚有加,于此可见。
        雍正初,清廷对书院的建设曾有所压制。至雍 正十一年(1733),雍正帝发现书院是个只埋头读 书的机构,并不损害朝廷的利益,于是下诏在各省 省会筹建书院,由此书院数目大增,尤其是官办书 院大增。由于朝廷政策的转变,此时,不仅有新书 院建成,且白鹿洞、白鹭洲、道源等书院又逐渐有 了新的修举。
        乾隆间,江西书院有很大的发展,这与清王朝 的提倡是分不开的。此间,新建和修复前朝书院的 数量虽然不多,然而顺治、康熙间所建和修复的书 院,此时大都有新的修葺,教学活动亦有新的安 排。故就书院活动的总量看,应该是清王朝之最高 潮。白鹿洞书院在此时受到特殊的关怀。弘历曾向 白鹿洞书院赐诗、赐赋,并于乾隆九年(1744)赐 “洙泗心传”匾额。作为省城最高学府的豫章书院, 乾隆间屡有兴修,课士始终维持发展。省城的另一 所大书院友教书院,虽在豫章书院兴盛以后,一度 仅有祀祭,教学无闻。而在乾隆间,仍然得到修葺, 并成为布政使特别关心的书院,等等。总之,乾隆 年间,江西全省书院逐渐形成一个由官府全面控 制的网络,省有巡抚、布政使直接控制的豫章、友 教书院。各府也有书院。各州县厅亦有知县控制的 书院。这种书院山长多由官员委聘,或由教官兼 任,应聘者亦多半是休致之官。书院的经费掌握在 胥吏手中,这都是书院日趋官学化的表现。
        嘉庆间,江西书院承康、乾两朝发展之余绪, 继续维持,略有所发展,然而总的趋势是走下坡 路。白鹿洞作为有全国影响的书院,其经费也日益 困乏,其他书院的情况便不言而喻了。
        道光以后,江西书院新建的数量不少,然而质 量滥极。其中相当多的是私塾、会馆、文会、祠庙性 质的机构。无论从教学内容和管理方面来看,都每 况愈下。
        20世纪初,书院这种教育形式终于走到了它 的尽头,近代学校教育——书堂,以新的姿态登上 了历史舞台。在三五年内,江西书院便纷纷结束了 其历史使命而销声匿迹。