日本早期民俗学者。13岁入和歌山中学。10岁即开始手写《大和本草》、《本草纲目》、《 和汉三才图会》等。20岁退学去美国,学习农学,多次进行野外考察,27岁去英国大英博物馆整理东洋资料,34岁归国进行植物调查,从此进行人类学、民俗学的研究。他所从事的研究领域主要是比较民俗、比较民话和比较宗教。在比较民俗方面,他在《十二支考》中提出人和动植物及风俗习惯的比较,探讨鼠、蛇、虎、龙等与民俗、传说、信仰的关系。他的实态调查和“验证的理论”,受到学界的重视。在咒术、驱魔等方面也发表了论著。民话比较重点是日本和中国民间故事的比较。如以《今昔物语》与《酉阳杂俎》的比较研究,探讨传播说和独立发生说的学术问题。宗教比较研究,多体现在与柳田国男的书简的讨论中,形成他的比较宗教论的科学观点。研究范围涉及到耶稣教、拜火教、梵教、儒教、基督教等。他的研究贯穿着进化论的观点。南方熊楠一生留下大量著述,有《南方熊楠全集》10卷,附卷2册。