伊斯兰教是突尼斯的国教。阿拉伯人占全国人口的90%以上,穆斯林占全国人口的95%以上。早在公元七世纪阿拉伯人远征时,就把伊斯兰教带给了突尼斯。突尼斯的穆斯林多属于逊尼派,在教法上遵从马立克教派。在柏柏尔人中,还有少数伊巴德教派的信徒,但在宗教仪式上受教团的影响很深。目前主要有两个教团,即(1)沙兹里教团,在首都突尼斯城较流行;(2)提加尼教团,19世纪由苏非派的法律家西迪·布拉伊姆·里亚希传进。他曾同土耳其人就实现突尼斯内部自治问题举行谈判,在群众中享有一定的威望,迄今仍有其信徒为他扫墓、祈祷。这一教团在南部地区较盛行,是唯一可接收妇女为成员的教团。还有卡迪里教团等,但其信徒均不太多。基督教产生之后,迅速传播到非洲北部地区。公元二世纪末,北非即有了基督教徒社团。公元三世纪时,迦太基是基督教最重要的中心之一。阿拉伯人建立凯鲁万城、焚毁迦太基城之后,以伊斯兰教代替了基督教。但在一些偏僻地区和犹太人居住区,基督教仍延续了好几个世纪。独立前,欧洲移民25万人,多信天主教(罗马公教),曾建立过突尼斯教区。独立后,欧洲移民只剩下五万人左右,主要集中在首都突尼斯城及沿海城市。他们中有少数人属于希腊正教和法国新教或圣公会。