公元六世纪,基督教开始在苏丹传播,极盛期是在13世纪。19世纪,基督教第二次进入苏丹,但是,只限在南方省份和一些大城市中。现在约有天主教徒500000人,在首都喀土穆设有天主教大主教区。此外,还有希腊正教会、科普特正教教会、天主教马龙派教会等。新教教会有圣公会、福音派教会、长老会等。自1973年以来,南方各省的教会相继恢复活动。苏丹政府曾宣布要建立一个全国性教会。目前,基督教徒约占全国人口的15%(其中天主教徒是多数),各教会的活动由苏丹教会理事会加以协调。