大乘佛教的主巴噶举派是不丹的国教。不丹的原始宗教是苯教,苯教是一种精灵崇拜同巫术相结合的土著信仰。不丹人认为,精灵无处不有,精灵有善良精灵与邪恶精灵之分。人们常用动物、石头、树枝等祭祀精灵,请求善良精灵降福给他们。大约公元九世纪末,不丹人最崇敬的宗教领袖印度高僧莲花生大师,从印度把大乘密教带到不丹。现在与莲花大师有关的几座庙宇是人们常去朝拜的地方。最大的达藏寺,坐落在914.4米高的峻峭陡壁上,据说反对张扬佛教的恶魔就是在达藏寺被征服的。达藏寺又称虎穴寺,传说莲花生大师是骑在老虎背上来不丹的,故而得名。大约公元12世纪末,西藏喇嘛教噶举派高僧安伽·日五·南摩伽罗喇嘛来到不丹传噶举派喇嘛教。后来又传来了宁玛派。此后,噶举派和宁玛派之间开始争夺权利。13世纪初期,僧人帕卓·杜果姆·希格布来到不丹,创立了一种独立于其它教派的主巴派,并使它成为不丹占统治地位的教派。自从佛教传入不丹以后,佛教大师吸收了苯教万物有灵的教义和仪式。20世纪20年代前,不丹是一个政教合一的国家。不丹人依据活佛转世制度,确定活佛为国家最高的统治者。全国各地的喇嘛教主寺,就是各级政权机构的本部。1931年,由于转世活佛被暗杀,不丹的活佛转世制度才宣告结束。不丹全国有上千座庙宇,六千多名喇嘛。由于国家对喇嘛教采取扶植和保护政策,喇嘛的全部生活由政府和人民供养。喇嘛在不丹享有很高的威信。不论是宗教仪式、庆祝节日,还是射箭比赛,都离不开喇嘛,许多场合的音乐演奏和舞蹈表演,也由喇嘛担任。