内蒙古的召庙一般仅作礼拜诵经之所,而五当召则以培养经、律、论僧人为主,相当于黄教宗教学院。召内经藏丰富,规章严格,人才济济,深得蒙民崇拜,被盛称为“东藏”,与西藏、五台齐名。盛时常住喇嘛达一千二百多名。神学院的教务及日常活动主要在苏古沁独宫、却依林独宫、洞阔尔独宫、当圪希德独宫、阿会独宫、日木伦独宫,称为“六宫”。
        苏古沁独宫最大,位于主峰东麓,居本召庙最前方。这里相当于大礼堂,是举行全庙性大集会和修道实习之所。乾隆二十二年(1757)建成,高22米,占地1500平方米。宫分三层,上面一层内供两座铜城——曼陀罗,为佛教密宗修法和观想用的坛;第二层正中供奉三世(过去、现在、未来)佛,两旁是释迦牟尼门徒文殊、普贤像,东西两墙的洞窟中为高70米的泥塑彩绘十八罗汉,造型生动,个性鲜明。二楼阳台北壁绘有一组佛教圣地鸟瞰图,上绘布达拉宫、布瑞奔寺、色拉寺、甘丹寺以及山西五台山等。最后一幅为五当召的全景图,却不见却依林独宫和日木伦独宫,可以推断它绘于这两座佛殿建成之前;下面一层分前后两堂,后堂正中是弥勒佛像,像西侧为藏经橱。前堂为大经堂,内部开阔,四壁满布重彩壁画。画幡高3米,总长250米,包括三十四个部分,内容为释迦牟尼的佛本生故事。每部分画一尊大佛,周围布满尺马豆人,其中点缀了大量的帐房毡包、城市村落、寺塔伽蓝(寺院总称),是研究清代少数民族地区经济文化的重要资料。堂中地上数十排座榻,上铺藏式绒毯,可容千余人。
        寺内重大集会就在苏古沁独宫的前堂举行。正月初八至十六是《甘珠尔》经会,寺众聚集此宫,选节诵念六十四部赞颂经和《甘珠尔》经。正月十五日,寺内活佛在大殿内给众喇嘛和信徒念“依如勒”(祝福经);晚上的酥油花展更是热闹非凡。四月初八至十五的经会主要诵念“敖特其”(药师经)和“喇嘛绰德布”(一种思想修行教材)。十五日殿内供宗喀巴大幅画像,同时纪念释迦牟尼圆寂。七月二十五日(小月为二十四)到八月初是最隆重的全召性集会“嘛呢法会”,供救度菩萨观世音。在千手千眼观世音像前置一大净瓶,内放五谷、药种、甘露等二十五种物品,由召内活佛主持念“嘛呢经”,各地信徒及附近群众都来布施瞻仰。会罢,召庙给布施者一包“乌如勒”(丸、丹,据说有降福消灾治愈百病的神力)等礼物。嘛呢法会期间,全寺的喇嘛在苏古沁宫昼夜诵念。八月初二还念一天《甘珠尔经》。此外还有宗喀巴诞生会(十月十五日),本召的历届活佛诞生日和圆寂日等纪念经会。
        召庙内的四大学塾各居一宫,宫内所供佛像及陈设因学习内容而异。
        却伊林独宫在苏古沁宫西侧,建于道光十五年(1835),为宗教哲学部,讲授佛教教义。殿内正中是弥勒大铜像,高达10米,是五当召供奉的两座最高的大佛之一。这里的学生通常占寺内徒众的三分之二多,学到一定程度后,可参加全塾性讲经辩论会。学满二十一年成绩优秀者,可获得本学塾最高学位——拉布占巴。获此学位者,除可兼学其他学塾的经典外,还可去印度、西藏和青海等地的大寺庙深造,并被委以一定职务。
        由苏古沁独宫东侧拾级而上,即达“五当召”的中心建筑洞阔尔独宫,为时轮学部,传授数学、天文、地理、历法及造曼陀罗法则。因宫后半部为黄色,俗称黄庙。建于乾隆十四年(1749)。宫内佛座上为“五当召”一世活佛洞阔尔班迪达的塑像。来这里学习的人很少,学制五至七年,考试合格者获“却尔吉”学位,享有特殊的待遇。每当全召性集会时,他们都身穿锦缎、头戴金冠。洞阔尔独宫西侧的当圪希德独宫,建于乾隆十五年(1750),规模不大。殿内排列威德金刚、可畏金刚、胜乐金刚等九尊护法金刚像,均为护法神,专司镇压邪魔,造型狰狞可畏。
        山顶巍然屹立的是日木伦独宫,于光绪十八年兴建,为教义戒律学部。是修建最晚的一座大殿,故俗称新庙。这里传授喇嘛教历史及教义、教规,内蒙古境内只有五当召设此课程。殿内正中为喇嘛教格鲁派(黄教)创始人宗喀巴巨型铜像,高9米,是内蒙古最大的一尊宗喀巴铜像,也是五当召两大塑像之一。黄教寺院中都供奉有他的塑像。为了容纳高大的宗喀巴塑像,避免从底层仰视而造成的透视变形的缺陷,殿内结构特采用减柱和四周建二层回廊的形式。在回廊上可以清楚地看到塑像胸部以上的细部。塑像前东西两侧靠墙排列着木制的千佛龛,龛内供奉一千尊宗喀巴小型塑像,为模制涂金,高约20厘米,象征宗喀巴化身的千佛。
        日木伦独宫左后方,山坡最高处的阿会独宫为庙内唯一面西朝东的佛殿,建于嘉庆五年(1800),设“纠德巴”(密宗)和“满巴”(医学)二部,但以密宗学塾为主。学制为十年,期满后不授学位。殿门两侧绘有六道轮回壁画。殿内正墙上为泥塑山洞,中部为释迦牟尼及其弟子阿难、迦叶,两旁为十八罗汉和四大天王。东壁墙上绘有吉祥天母和时轮金刚等工笔重彩、造型诡怪的壁画。殿内还悬挂有几幅五代贯休画的罗汉石刻拓片。医学部二楼内供奉有白度母和绿度母塑像,高鼻修眉,表情温厚善良,为喇嘛教中的救度菩萨,是唐代吐蕃松赞干布所娶的文成公主和尼泊尔公主的化身。殿内还有大量的帛画,藏语称为“唐卡”。
        阿会独宫旁有座小巧的二层楼,即苏波尔盖陵。原为五当召一世活佛洞阔尔的寝室,活佛圆寂后,就将其骨灰塔供奉于此。以后五当召历代活佛圆寂,骨灰均在这里供奉。堂中排列装有七世活佛骨灰的七座鎏金铜塔,高者1米许。铜塔为覆钵式,宽肩圆腹,上镶珍珠宝石,与硬木描金塔龛交相辉映。南壁供奉有铜铸无量寿佛。
        此外,还有三座活佛府,即甘珠尔府、章嘉府和洞阔尔府,位于阿独宫南面,自成院落,有曲径相通。