“五四”学生爱国运动,一下子使中国人民与帝国主义和军阀政府的斗争空前尖锐化、表面化,使蔡元培及其所领导的北京大学和封建势力的斗争重新激化起来。正如鲁迅所说:“‘五四’事件一起,这运动的大营的北京大学负了盛名,但同时也遭了艰险”。由于北京大学是新文化运动的中心,早为封建顽固势力所嫉恨,前已有改组北大的议论,五四爱国斗争,北大学生又是首倡者,站在运动的前列,而蔡元培又对学生的爱国运动采取同情和支持的态度,并为营救被捕学生而日夜奔走,不遗余力。因此,封建军阀把这次风潮看成是北京大学提倡新思潮的结果,尤集矢于蔡元培,认为他是“罪魁祸首”。正如1919年5月11日《每周评论》说:“他们恨蔡元培,是把所有学界的举动,都归到北京大学,把大学学生的所有的举动,归到蔡校长一人身上。”安福系向北京政府提出处理事变的办法,首先就是查封北京大学,撤免蔡元培的校长职务。
        5月4日夜,北京军阀政府国务总理钱能训在自己家里召开了内阁紧急会议,一直开到第二天。京师警察总监吴炳湘,警备司令段芝贵、步兵统领李长泰均到会,筹商对付学生运动办法。会上,解散北京大学,撤免蔡元培校长,几成为一致主张。傅增湘为蔡元培解释,并说解散大学,古今中外都没见过这种办法。段芝贵却甚至说:“宁可十年不要学校,不可一日容此学风。”
        其后几天,曹汝霖、章宗祥要进行报复以及军阀势力要对北京大学进行武力镇压之说风起。有的说,曹、章以三百万金收买人刺杀蔡元培,焚烧北大校舍,杀北大学生;有的说,徐树铮在景山顶架炮,轰击北大,并扬言要以往年对待陆建章之手段以待蔡。前此敌视新文化运动并遭到抨击而怀恨在心的林纾,这时也想趁机而入,动摇北大现状。蔡元培鉴于他自己和他所领导的北京大学,已处在一切封建顽固势力的诅咒、威胁的严重迫害之中,自知已不可再留,但为了营救学生,保护学校,他态度镇静而强硬,声称学生不安宁无事,北大校事决不放手。
        5月7日,被捕学生安全释放后,学校虽已恢复上课,但斗争并未结束,学生们都抱着再接再厉的决心,政府也是不做不休的态度。蔡元培这时处境十分困难,内心也很是矛盾。带领学生同军阀政府对抗,他所处的地位和立场有所不能。屈从政府的旨意,对学生进行约束和压制,作违反爱国初衷的事,于良心有愧,他更不能干。5月8日,北京政府已决定撤免蔡元培的校长职务,并内定马其昶为北大校长,并发布了三道命令:一是查办北京大学校长,二是将已经释放的学生送交法庭,由法庭依法办理,三是整饬学风。查办令因傅增湘不肯副署,未能发表。后两令已为各报刊出。
        在这种情况下,蔡元培除了出走以外,没有别的道路可以选择。在他看来,既然军阀政府将他看成是学生爱国运动的支持、保护者和后台,把仇恨集中于一己之身,以去他为首要目标;而且政府再次下令要惩戒学生,也是对他施加压力,他不离开、学生将遭严办,他一走,反而于保护学生、保全学校有利。因此,他于5月8日下午6时向北大学生发表慰勉的讲话之后,即于9日清晨愤然离开北京。他就这样被封建军阀势力逼出了北京。学生运动一时失去了方向和支持,产生了一些动摇。更为遗憾的是他不知道,中国人民的反帝反封建的爱国运动并不会因他的退让出走而停止,因此,他的以出走保护学生、保护学校的愿望并未现实,而学生与军阀政府的斗争变得更加尖锐激烈了。