17世纪,随着海外留易的发展,天主教思想传入日本,在德川幕府时代,信教的居民日益增多。关原战后,日本的天主教徒已达75万人,日本人中出现了神甫、修士;同时,教会学校也开始建立,外国的油画、铜版画、音乐、文学、医学、天文、地理等相继传入,扩大了日本人的眼界。当然也带来了不少社会问题。
        对於天主教思想的传布,德川幕府最初并未禁止。但是,由於天主教思想传播相当迅速,甚至连幕府的亲信中也出现了天主教徒,这就引起了幕府的不安。幕府政府害怕天主教思想传播削弱其专制统治,加上信新教的荷兰人的挑拨离间,所以德川家康就开始了对天主教徒的镇压。首先是躯逐天主神甫,破坏天主教堂,以后发展到残酷拷打天主教徒,强迫信徒改变宗教信仰,其刑法之残酷罄竹难书。据说1614年至1615年,约有28万天主教徒因拒绝改变信仰而惨遭杀害。幕府看到如此多的教徒殉教更为恐惧,於是采取新的办法对付天主教徒。政府规定不论百姓町人和武士,甚至包括婴儿在内,每一个人都应当成为一个佛教寺院的施主,并由该寺院出书文证明,这种办法叫“寺院征文”。幕府还不放心,又命令所有信教居民要用脚踩圣像,即所谓“踏绘”的办法证明自己不信天主教。
        幕府强制信徒改变信仰的政策,不仅没有生效,反而引起天主教徒的广泛反对,终於导致大规模农民起义的发生。1637年的岛原、天草起义就是例证。政府最后用十几万大军才镇压了起义。
        为了禁教,政府最后采取了销国的政策。从1631年起凡出国人员都要具有证明,以后发展到禁止日本船只出国,并规定在外国居住五年以上者禁止回国。1635年,再次公布法令,严禁日本船只和日本人出国,任何海外日本人不得回国,违反者处死。岛原起义被镇压后,从1693年开始,日本政府公布法令禁止西欧人来日本。除荷兰人外,中国人是被允许自由贸易的国家之一,但是从1688年以后,也只允许中国人在长崎市“唐人住宅”居住,与日本人自由来往的权利实际上也被剥夺了。从禁止与外国人来往到禁止外国书籍进口,日本变成了一个闭关自守的国家。锁国政策使日本社会经济长期处於停滞状态,日本居民也受到排外情绪的毒害。