清初,贵州长期处于战乱之中,南明永历帝曾 流亡贵州,贵州的安龙一度成为小朝廷驻跸之地。 永历兵败,吴三桂反清,贵州又归吴三桂所有,直 至康熙十九年(1680),“三藩之乱”平定,清政府才 恢复对贵州的统治。
        清代在贵州建置上最大的事件莫过于大规模 的改土归流。
        土司设置如前所述,对稳定中央王朝对贵州 的统治曾产生过一定作用。但土司所辖地区,朝廷 政令无法推行,赋税无所出,许多土司不仅对属下 土民进行残酷剥削,推行落后的农奴制;为争夺土 地和奴隶,不仅土司之间,甚至与中央王朝武力对 抗。明代就曾发生播州土司杨应龙聚兵反明事件, 明王朝动用四川、湘广等地兵力,才平定下去。当 清朝在贵州统治确立,便决定大规模推行改土归 流政策。雍正四年(1726)云贵总督鄂尔泰奏请“剪 除夷官,清查田土,以增赋税,以靖地方”,开始大 量裁撤土司,由中央委派流官治理,形成改土归流 高潮。被裁撤的土司,其领地只保留少部供衣食之 用,大部分没收,这自然要引起土司们的对抗。雍 正六年(1728),清军向黔东南地区发动重兵征讨, “伐山通道,穷搜窟宅”,先后占领八寨(今丹寨)、 丹江(今雷山)、九股(今台江)、清江(今剑河)、古 州(今榕江)等地,称之为“新疆”(即新辟苗疆之 意)。并在此设立六个厅。加上在这之前平定的黔 西和黔北诸土司、土官,贵州全境县以上已全部设 立流官,只保留了少数低级土官,归属各州县管 辖。
        清代大规模的改土归流,曾因各地土司的反 抗及清兵不分良莠大规模的烧杀,给少数民族地 区带来灾难。但大量割据一方的土司的消灭和权 力的被剥夺,瓦解了民族地区残存的奴隶制和农 奴制,加强了与较先进的汉族地区的联系,有利于 贵州境内经济、文化的发展,是值得肯定的。魏源 曾说鄂尔泰倡议的改土归流,“功在西南,至今百 年享其利”,(《圣武记》)是有一定道理的。
        清代对贵州疆域有了新的界定,遵义及威宁 一部从四川来属,湘广的天柱等地划给了贵州,广 西红水河以北府县也归并于贵州,至此,贵州的疆 域才基本形成今天这个样子。通过大规模的改土 归流,清政府在土司所辖土地设置府、县,至清末, 贵州全省辖十二府,一直隶州,一直隶厅,六十九 个州、县、厅,大部分州、县名称与今天市县名称已 趋一致。