佛教史上,一般将因“耶舍十事”或“大天五事”引起的那次分裂称为“根本分裂”,从而形成了上座部与大众部两大佛教系统。后来,佛教以上座部和大众部为基础继续分裂,史称“枝末分裂”。关于枝末分裂的详情,佛教史上历来有多种不同说法。北传佛教《异部宗轮论》记载,佛灭二百年时,大众部分出一说部、说出世部和鸡胤部。佛灭二百年中,大众部中又分出多闻、说假二部。至佛灭二百年满时,有一外道于大众部出家,亦名大天,与僧众重新争论以前的“大天五事”,再次引起分裂,分出制多山部、西山住部和北山住部。这样,从大众部中共分出八个支派,与根本大众部合称“大众九部”。上座部佛教此前一直团结,到佛灭三百年时,因小争论分出说一切有部。后又从说一切有部分出犊子部,犊子部分出法上部、贤胄部、正量部和密林山部。说一切有部又分出化地部,化地部分出法藏部。以上皆为佛灭三百年间的事。至佛灭三百年末,说一切有部又分出饮光部,四百年初又分出经量部。这样,上座部佛教先后共分出十个支派,与根本上座部合称“上座十一部”。这一说法来自说一切有部,极可能带上宗派的色彩,与南传佛教的传说有多处出入。
        佛教分裂后,不同教派以不同地区为传教中心,对佛教教义和戒律作出不同的解释,形成了诸派争鸣的局面。部派佛教争论的问题可概括为有神与无神、有我与无我、实有与假有三个方面。在“有神”与“无神”的认识上,上座部系统坚持历史性的佛陀,认为佛陀肉身有限、寿命有边,不朽的只是他的教法。大众部则宣扬佛陀的神性特征,说他是神通广大的神,肉身无边,寿命无疆,威力无限。至于历史上的佛陀,不过是他教化人间所用的化身,他的法身则是永恒的。关于“有我”与“无我”,上座部有两种倾向,一种以说一切有部为代表,坚持业感缘起论,主张无我,即认为众生没有独立自在的自我,“我”不过是各种条件物的聚和。另一种以犊子部为代表,提出有我的理论,认为有一种不可名状的补特伽罗(我),是众生轮回与解脱的主体。大众部则多提倡“一心相续说”或“心性本净说”,认为众生心识相续的活动中,有一种永恒的内在本性,这就是众生的主体,它本来清净无尘,后被外物烦恼所染而不净。因此,断灭客尘烦恼,众生本净的心性就会显现,从而达到解脱。论及“实有”与“假有”,上座部和大众部两大派系也表现出不同的理论发展方向。前者侧重谈有,其中说一切有部主张“三世实有”、“法体恒有”,即认为宇宙万法的本体是永恒存在的。后者侧重谈空,即认为宇宙万物都是因缘和合的产物,是假象。部派佛教围绕这些问题的激烈辩论,一方面丰富和发展了佛教的理论思想,同时也激发了大乘佛教思想的萌芽,为佛教后来的发展奠定了理论基础。