宋元两代各种清规争相出台,并行于世,丛林制度难以统一,因此,崇信佛教的元顺帝于元统三年(1335)敕命江西百丈山住持德辉再次编集丛林清规,并由金陵大龙翔集庆寺住持大诉等人校正。这次编集参考了《崇宁》、《咸淳》、《至大》三种清规,对清规的内容与章节再次进行增删组合,订为八卷,因是皇帝敕命,又以百丈山的住持为首编撰,故而定名为《敕修百丈清规》。
        《敕修百丈清规》的内容共分祝厘、报恩、报本、尊祖、住持、两序、大众、节腊、法器等九章。“祝厘章”是在皇帝生日、皇后千秋等庆典上的佛事仪式规定;“报恩章”是有关皇帝忌日、供天、韦驮圣诞、伽蓝圣诞等佛事的仪式规定;“报本章”是佛圣诞、佛成道、佛涅槃,及其他诸佛菩萨圣诞的佛事仪式规定;“尊祖章”是达磨忌、百丈忌、历代祖师忌、嗣法师忌、剃度授经二师忌、父母忌等佛事的仪式规定。以上四章的佛事仪式大致相同,佛殿中摆设茶果、饮食、香花、灯烛等;住持上堂、上殿、礼拜、说法、上香、上汤等;维那白词、读疏;大众讽诵经咒等。
        “住持章”一章的内容有住持日用、请新住持、入院、退院、迁化、议举住持等各节。住持日用即住持的日常事务;“请新住持”即聘请住持;“入院”即住持上任;“退院”即住持退休时有关交接手续的规定;“迁化”即住持圆寂后的一系列佛事活动规定;“议举住持”即选举新住持的有关规定。“两序章”主要是有关丛林机构、人事安排及新旧职交接手续礼仪等的规定。“大众章”,是规定一般僧众的日常生活、行为礼仪与宗教修行的法则。“节腊章”,讲的是一年中重要节日与法会的有关仪式、程序的规定。“法器章”,主要记述丛林中各种号令、法器的作用及敲打方法。
        《敕修百丈清规》虽然仍取“百丈清规”之名,但它的内容与形式都与《百丈丛林清规》相去甚远,前四章的内容都是《百丈丛林清规》中所没有的,特别是一、二两章与《百丈丛林清规》的精神也不相吻合。怀海制定清规的原则,在很大程度上是为了隔绝僧侣与世俗权势的往来,而《敕修百丈清规》却将皇帝生日、皇后千秋等内容作为清规的开头,有明显的趋炎附势、取悦帝王的倾向。所以这部清规编成后,即由朝廷颁布,令全国各寺执行。
        明代洪武、永乐年间,也曾先后下令,在各寺执行《敕修百丈清规》。明英宗正统年间(1436—1449)再次下令重新刊印流通,至此,丛林清规形成定式,《敕修百丈清规》成了汉地各宗各派丛林共同遵守的基本法则,沿用至今,未有更改。
        晚清道光三年(1823),真寂寺的仪润作《百丈丛林清规证义记》八卷,这是一部结合当时丛林行事,详细介绍了《敕修百丈清规》中各种法则的著述。
        近代,各地丛林在执行《敕修百丈清规》的同时,另外还订有本寺《共住规约》(如高旻寺《共住规约》、南普陀寺《共住规约》)及各堂规约,以让全寺僧众共同遵守。