锡金的尼泊尔人大多数信仰印度教,少数人信奉喇嘛教。雷布查人和菩提亚人绝大多数信仰喇嘛教,属红帽教派。锡金的原始地方宗教是苯教,苯教是一种精灵崇拜与巫术相结合的土著信仰。他们崇拜各种善神和恶神以及它们的住处。约公元八世纪末,印度高僧莲花生大师经尼泊尔到西藏传授大乘佛教,后来又传入锡金。1640年,西藏喇嘛教宁玛派高僧拉葱·钦博带着两个徒弟到锡金传播喇嘛教。17世纪中期,喇嘛教派成为锡金的国教。现在全锡金约有70座寺院。锡金首都甘托克皇宫附近的寺院是锡金最大的寺院。此外,锡金还有少数基督教徒和极少数伊斯兰教徒。