1549年,荷兰天主教会的耶稣基督会教士弗兰西斯科来到日本的鹿几岛传播基督教。开始时,日本的统治者对其持欢迎态度,因此基督教在日本得到迅速发展。据说到17世纪初,信徒曾达到75万人之多。后来由于统治阶层认为基督教势力扩展有害于封建秩序,故逐步对基督教进行镇压和禁止,使基督教的信徒受到残酷迫害,外国传教士也被驱逐出日本。尽管如此,仍有不少人秘密信奉基督教。到19世纪后半叶,日本与欧美开始了邦交活动,基督教再度兴起。1859年后,新教的传教士们从美国派遣到日本,天主教俄国正教也在日本开始了传教活动。这些传教士从事社会和教育事业,为向日本输入欧美文化起到了积极作用。所谓日本的近代文化,实际上主要是指欧美文化。作为欧美文化中心的基督教式的思想方法、生活方式以及道德观念等,很多被日本所吸收。现在日本的基督教宗派有:天主教徒中央协议会、日本基督教团以及基督新教等。据1970年统计,基督教团体有6300多个,信徒达8100多万。除各派都有自己独立的大学外,还设有超越宗派的国际基督教大学。