佛教初入,中土人士对这种不合传统礼教的“截法弃亲”行为不甚理解,也没有把佛教与神仙方术区别开来。与汉明帝同时代的楚王刘英“诵黄老之微言,尚浮屠之仁祠,洁斋三月,与神为誓”。可以肯定楚王的祭祀场所是专门的,固定的,但也是不分彼此的,众神都敬。白马寺修建后的一段时间里,佛寺的建设没有显著的发展,因为佛教传入内地后首先被上层人士接受,处于刚被认识的阶段,只允许西域僧人修寺造庙,“以奉其神”,汉人则不准出家为僧。这样,僧人极少。另外,修建佛寺也要不少花费。经过半个多世纪,情况才略有变化,帝王开始信奉佛教,如桓帝在宫中建立黄老、浮屠之祠,对佛教的特殊性有了一定的认识。恒帝时代的洛阳成为译经中心,直到汉末变乱之前,西域僧人如安世高、支谶、支曜,天竺僧人竺朔佛等都以白马寺为活动基地。
        汉代的佛寺除白马寺外,大多都是私建,并且制度不全,与黄老并祠。进入三国,洛阳、建业为佛教重镇,陆续出现了一些官建大寺,民间的寺舍也有发展。这些寺院还没有完全定型,但已经从与黄老并祠中分化出来,佛塔的位置比较突出,体现出了佛教的特征。寺院的僧人以异域来的为主,中土的出家僧人仍很少。
        在汉末的大动乱中,洛阳、长安地区战祸不断,百姓纷纷南逃,佛教信徒也在其中,后大多聚集在徐州地区并逐渐形成一个佛教圈子。早有楚王刘英在此“尚浮屠之仁祠”,后来又出了一位大修佛寺的笮融。笮融是丹阳(今安徽宣城)人,在变乱中聚集了一些人投靠徐州牧陶谦,谋得督管几个郡钱粮运输的职位。笮融热心于佛教,用这些钱粮修建了一座巨大的佛寺。殿里的佛像为铜铸,外面饰以黄金,身着彩绸制作的衣服。寺内有九层铜刹,铜刹下重楼复阁,可容纳三千多人做法事。笮融又以皈依佛门者可免其徭役招引民众,一时间百姓蜂拥而至,达五千多户。笮融还举行了一次浴沸法会,寺外数十里设置酒饭,免费招待,据说来者达万人以上。这座佛寺是当时全国影响最大的寺院,也是继白马寺之后的又一座官建大寺。
        三国的曹魏初期崇尚名法之治,大概是鉴于东汉末张角利用太平道发动黄巾起义的缘故,恐再有人利用神仙方术惑众作乱,对祭祀崇拜严加管控,佛教也在被禁之列。待国家相对稳定,禁制有所松动,佛教信徒开始公开活动,西域传教僧侣也往来于魏境,深入内地。嘉平中(249—254),昙柯迦罗从印度来到洛阳。这时候的魏境“虽有佛法,而道风讹替,亦有众僧未禀归戒,正以剪落殊俗耳。设复斋忏,事法祠祀”(《梁高僧传·昙柯迦罗传》)。就是说当时中土的信徒对佛教教法的理解还是粗浅孤陋,知道因果报应,生死轮回,却不知道如何修行度脱,仍按中国的祭祀习惯作斋忏。
        魏地的佛寺也集中在洛阳。明帝时宫殿的西边有佛寺和塔。据说一次为了造池苑,明帝下令拆毁寺塔。一西域僧人以异术相劝,这位僧人以金盘盛水,放入“佛舍利”,只见佛舍利入水便放出五色光芒。明帝叹为观止,大感“佛有灵异”,于是把拆除令改为拆迁,同时还在佛塔周围建造阁舍百间,供僧人居住,称为“官佛图精舍”。
        蜀国的佛寺现在还没有可靠的文字记载。从一般情况推测,三国时代蜀地也应有寺院设置。佛教在传人中原的同时也传入了蜀地,考古工作者曾在四川乐山的岩墓群中发现有佛教造像,是东汉末年的作品;在彭山岩墓中还发现有陶制佛像,也是汉代作品。相比之下,可能蜀地道教比较活跃,佛教难以发达。
        吴国的佛教流传比较广。汉末变乱中,许多佛教僧人和信徒随难民从关中、洛阳一带避难江南。吴地因此聚集了许多名僧,如安世高、支谦、竺法兰以及从南方来的康僧会、维祗难、竺将炎等。这些僧人的活动以译经为主,对江南佛教的传播和佛寺的发展促进很大。
        吴太平三年(258),孙氏宗室孙琳废黜了孙亮,立孙权的第六个儿子孙休为吴主。孙琳志得意满,“侮慢民神”,烧了伍子胥庙,又毁破佛寺杀戮僧人。甘露元年(265),吴国的最后一位皇帝孙皓也曾打算毁寺,被僧人劝止。虽然当时毁坏寺院的直接原因史书上鲜有记载,但至少可以说明吴地不仅有佛寺,而且佛教还极有影响,以至于和统治者的利益发生了冲突。
        吴地的佛寺以京城建业(今南京)的建初寺最为著名。建初寺由康僧会草创,吴主孙权重建。
        建初寺位于宫城以南(即花盝冈之南)。孙权赤乌十年(247),交阯名僧康僧会来到建业,创立了很简易的寺舍,设置佛像,宣扬佛教。朝廷随即接到报告:有胡人入境,自称沙门,容貌服装奇特,请求查验。孙权召见康僧会,问其所宣传的佛法有何灵验。据说康僧会经过一番祈祷,果然舍利现瑞。于是孙权为其建造佛塔寺院,因是该地最早的佛寺,就命名为“建初舍”。寺所在地称为“佛陀里”。以后康僧会长期在此居住,译经传法,道化很盛。东晋咸和二年(327),原临淮太守苏峻反叛,次年攻破京城,纵兵大掠,建初寺佛塔被毁。乱后司空何充重新建塔,平西将军赵诱又在寺的东面添了一座小塔。南朝刘宋初,相传有凤凰飞集此地,因此在寺旁建“凤凰台”。之后名僧辈出,如帛尸梨密多罗、僧祐等,均为一代佛门巨子。隋唐时该寺仍在。北宋改名“法性寺”,是尼寺。南宋初寺宇被火焚毁,仅存寺额。再重建时分为三座小寺:东边的叫“石佛院”;西边的叫“前法性寺”、“后法性寺”。元代末期这些小寺还存在,明清以后就湮没无闻了。