晋大将军王敦谎称清君侧,除奸佞,于晋元帝永昌元年(322)率军向京都挺进;甘卓很清楚王敦此举的真实目的无非是颠覆晋室,另建王氏朝廷,所以当王敦派人邀请他联军北上时,他假意答应,其实心里并不想助纣为虐。王敦上船,升帆待发,却不见甘卓的影子,正在疑惑,却见甘卓帐下参军孙双前来传话,甘卓要他打消原来的念头,万万不可逆天而行。王敦大吃一惊,因为在他的如意算盘中,有甘卓精兵相助,无异于猛虎添翼,讨平京师简直易如反掌;想不到甘卓临时毁约,一下子使他陷入进退维谷的境地!但吃惊归吃惊,他的念头仍然转得很快,他觉得即使不能将甘卓纳入自己的阵营,也决不能让他站到自己的对立面中,否则无形中又增加了一支难以对付的劲敌。他让孙双回去告诉甘卓,他这次发兵绝对不含个人野心,一切都是尽人臣职责而已,如果甘卓能鼎力相助,共同铲除“奸凶”,事成之后一定荐封甘卓为公爵。孙双将王敦的许诺回报甘卓,甘卓犹豫不决。有人建议甘卓不妨先假意答应王敦的请求,等他一到京师就发兵声讨;也有人力劝甘卓当即立断,倡顺除逆,借机建立匡扶社稷的万世不朽之功名;参军李梁则劝甘卓做壁上观,无论王敦或朝廷得胜,他的实力都丝毫不受损失,还可坐收渔利。邓骞指责李梁的说法纯属胡说八道,他指出,如果朝廷得胜,甘卓有坐视国难、不尽人臣之义之罪;如果王敦得胜,甘卓又有许诺在前、毁约在后之罪,到时绝对不会轻易放过不提。这时候谈什么坐收渔利,还不如说是自取其祸!他接着强调,甘卓早已威名在外,兵力也比王敦多出一倍,此时凭借威名强兵,兴师讨逆,才是真正的必胜之策。邓骞的分析不谓不精辟,甘卓也默认他讲得很有道理,但他仍在犹豫。直到王敦的参军乐道融拿王敦的一惯行为来提醒他,他才拿定主意,向远近军镇府县发布讨伐王敦的檄文。不出邓骞所料,王含守武昌(今湖北鄂城),和王敦遥相呼应,但他手下的将士一听到甘卓即将兵临城下,都弃城奔逃。武昌不攻自破,征西大将军陶侃也已派兵前来相助。形势不能说不好,但令人奇怪的是,甘卓到猪口以后却按兵不动,像是在等待着什么。王敦听到甘卓大军已到猪口,大为惊惧不安,随后又打听到甘卓在那里徘徊不前,估计他心里有所顾虑,连忙派甘卓的侄儿甘印前去求和,诡称只要甘卓回师襄阳(今湖北襄樊),他绝不危害朝廷。恰好这时京师方面的朝廷军队吃了败仗,名臣周��、戴若思遇害,甘卓有些心灰意冷,尽管秦康、乐道融等人力主应乘胜进军,不可半途而废,甘卓仍一意孤行,率军返襄阳。主簿何无忌等人又劝甘卓提高警惕,严防王敦暗箭伤人,甘卓也不听,反而放松戒备,终于被王敦同党暗杀。(《晋书·甘卓传》)