谢琰击走孙恩义军,坐镇会稽(今浙江绍兴),就仿佛大功告成,可以高枕无忧。这时孙恩还在附近的海岛上日夜练兵,随时准备上岸继续作战,谢琰却既不采取安抚政策,又无意进军围剿,大约想等他自动灭亡。将帅们都觉得主帅既然不愿意轻动刀兵,那么向孙恩宣传宽大为怀、既往不咎的安抚政策,诱导他自首也不失为一个好的办法。谢琰却说,凭苻坚百万大军,尚且被我们打得丢盔弃甲,孙恩区区小贼,又何足为虑!他现在窜居海岛,不过是苟延残喘,哪里还敢出来送死?如果他真敢卷土重来,那只能说明他确实活得不耐烦了。谢琰好像是太过自信了,不久以后,孙恩果然从浃口登陆,连破余姚、上虞、邢浦、上党,进逼会稽。众将又劝谢琰赶快采取慎重戒备的措施,派水军控制南湖,广设伏兵,严阵以待。谢琰不听。等到敌军逼近,谢琰还未吃饭,当即披挂上马,决计要先消灭孙恩然后回头进餐。谢琰等人勇气可嘉,且义军被他们斩杀了一大片,可惜义军已占据水上优势,当谢琰大军纷纷涌入湖边狭窄的通道时,义军就在战船上向他们大射乱箭,官军阵形被拦腰截断,前队和后队只能各自为战。谢琰杀到千秋亭,即告大败,他和他的两个儿子以及前锋广武将军桓宝都被他的帐下都督张猛杀害。(《晋书·谢琰传》)