1905年6月11日,孙中山结束了历时一年半的美欧之行,自法国马赛登舟东返。他一路经过新加坡、西贡、香港,略事停留,于7月19日抵横滨。行前,孙中山将归讯告诉了冯自由等。湖北、四川等省留欧学生也将此讯转告留日的同乡。孙中山即将前来的消息在留学生中不胫而走。他在横滨上岸时,受到了程家柽等一百余名留学生代表以及兴中会员、广东同乡的热烈欢迎。
        孙中山这次重回日本的目的是十分明确的,就是要组织一个新的联合的革命团体。他很快前往东京,紧张地和留学生中的革命分子进行了广泛而深入的接触。
        7月下旬经宫崎寅藏介绍,孙中山、黄兴两位反清革命的著名领袖会面了。孙、黄的会晤是极富情趣的。宫崎寅藏回忆说:“我当时住在新宿,孙来到我的住处说:‘近来增加这么多留学生,当中有非同一般的留学生,有否我党之士?’我说:‘有,我正要向你介绍一个叫黄兴的湖南人。’他听了名字便要马上去找。我止住他说:‘连口茶都不喝就要去,真够性急,而且你是他的前辈,还是我去将他带来见你好了。你就在这里喝点茶等着吧。’他不允许这样,说道:‘这样的事没有什么前后辈之分,是我打听到他的消息,所以还是应该我前去拜访他。’当时黄兴在神乐阪的边上租房住着。我带着孙到了那里,打开窗子往里一看,见地上有一大堆拖鞋,一大帮学生围坐成一圈。我看到人太多了,便让孙在外边等着。我向里边喊道:‘小黄,小黄。’黄兴急忙跑了出来。我手指着孙让他看,他一看便认出了是谁。”^[1]黄兴与张继、宋教仁请孙中山在神乐阪凤乐园饭馆入宴,畅谈革命的形势和办法。孙中山建议把革命小团体联合起来,共同致力革命,得到黄兴的赞同。
        随后,程家柽又邀集黄兴、陈天华、张继、宋教仁、吴春阳、但焘等在北辰社自己的住所里与孙中山会商组织革命团体问题。
        在此前后,湖北留学生李书城、耿觐文、田桐、时功玖等,四川留学生邓家彦、康宝忠、吴鼎昌等,广东留学生何天炯、胡毅生、汪精卫等,以及其他一些省的留学生,也先后拜会了孙中山。他们都拥护组织统一的革命团体的主张。
        孙中山所接触到的革命分子,多数是没有参加过革命小团体的青年,但也有相当一部分人是各个革命小团体的成员。当时,只有华兴会在留学生中影响较大。因此,革命的力量能否顺利联合,华兴会的态度具有举足轻重的地位。虽然黄兴同意联合,但会内意见并不完全一致。
        7月28日,孙中山偕同宫崎亲往二十世纪支那社,与陈天华、宋教仁晤谈。孙中山在谈话中指出了过去各省的反清起义“不相联络,各自号召”的缺点,强调说明:“现今之主义,总以互相联络为要。”^[2]
        次日,华兴会成员在神乐阪黄兴处集会,讨论关于同孙中山联合的问题。会上,陈天华主张以华兴会与孙中山联合,黄兴主张形式上加入而精神上保持独立,刘揆一则不主张加入。最后,作出了加入与否个人自由的结论。
        华兴会的合作态度保证了统一的革命团体得以迅速建成,并且提供了一批经过锻炼的骨干。
        7月30日下午,各省革命志士聚集到东京赤坂区桧町三番黑龙会会所,共同讨论发起新的革命团体问题。与会者有孙中山、黄兴、陈天华、张继、程家柽、冯自由、胡毅生、吴春阳、宋教仁、田桐、黎勇锡、朱少穆、马君武、邓家彦、但焘、时功玖、何天炯、康宝忠、刘道一、蒋尊簋、朱执信、古应芬、李仲揆(四光)等七十余人,除孙中山、黄兴等已经成了职业革命者,大部分都还是在校的留学生,他们分别来自国内的十个省。其中,曾经参加过小团体者:兴中会二人,军国民教育会八人,青山军事学校三人,华兴会九人,科学补习所四人,军国民教育会暗杀团二人,光复会一人。此外,日本人宫崎寅藏、末永节也参加了会议。
        孙中山首先向大家作了长篇讲话,演说革命形势和实行方法。他提议将分散的革命力量组织成一个大团体,协力从事反清革命。这个建议获得一致赞成。孙中山被推为会议主席,主持讨论新团体的名称和宗旨。有人提议将新成立的组织定名为“对满同志会”。孙中山指出,革命的目标不专在排满,还要反对君主专制,创建共和,因此以叫做“中国革命同盟会”为好。人们认为,使用“革命”字样,对未来这个秘密组织的活动不利,最后定名为“中国同盟会”。大家还接受了孙中山的建议,决定以“驱除鞑虏,恢复中华,创立民国,平均地权”作为同盟会的宗旨。于是,黄兴提议“请赞成者立誓约”,孙中山起草了盟书,内容如下:
        联盟人　××省××府××县×××　当天
        发誓:　驱除鞑虏,恢复中华,建立民国,平均地权;矢信矢忠,有始有卒,如或逾此,任众处罚。
        天运　年　月　日
        

中国同盟会会员　×××
        主盟人　×××
        介绍人　×××

        与会者纷纷缮写签署盟书,再进入另一小房间内,由孙中山领导各人同举右手向天宣誓,然后教以各种暗号和秘密口号。宣誓毕,孙中山向会员们祝贺道:“为君等庆贺,自今日起,君等已非清朝人矣!”大家又推黄兴、陈天华、马君武、程家柽、汪兆铭、蒋尊簋等起草会章,待成立会时提出讨论。人们正要离开会场时,室内后部的木板忽然坍倒,声如裂帛。孙中山诙谐地说:“此乃颠覆满清之预兆!”大家兴奋地鼓掌欢呼。
        从这一天起,中国的资产阶级革命党——中国同盟会就出现了。
        孙中山到东京后,广大留学生都想一瞻这位革命伟人的丰采。在黄兴的推动下,留学生决定召开大会欢迎孙中山。8月11日,清国留学生会馆门前贴出开会告示,学生们争相传告,相约与会。此前,横滨保皇党听说孙中山在东京顺利组党的消息,派了徐勤到东京,发起组织“青年同学会”,企图以此抵制孙中山和革命派的影响。但是,经过几个党徒千方百计的活动,一无成就。这时,徐见到学生们的情绪已无法挽回,只好在8月12日下午悄悄地跑回横滨。
        8月13日下午二时,中国留日学生在东京麴町区富士见楼开会欢迎孙中山。当时,正值暑假期间,许多留学生他游或回国,可是到会的竟达一千八百余人。会场挤满了人,后到者进不去,却不忍离开,佇立街边仰望楼上者,有六七百人之多。孙中山身穿洁白的西装,从容步入会场,满场立即鼓掌欢迎。站在后面的人,被前面的人遮住视线,跂足以望,挤得更加厉害,但整个会场仍肃静异常。自东京留学生有集会以来,从没有这样的盛况。
        宋教仁致欢迎词后,孙中山登台作了近两小时的演说。孙中山以饱满的热情和雄伟的气魄向学生们展示了中国的光明前途。他号召用革命的方法,建立共和国,改变积弱的国势,跃居世界先进国家之林。他说:“现在中国要由我们四万万国民兴起,今天我们是最先兴起一日,从今后要用尽我们的力量,提起这件改革的事情来,我们放下精神说要中国兴,中国断断乎没有不兴的道理。”他呼吁人们在改造中国时取法乎上,抛弃不合于中国的君主立宪,而“择地球上最文明的政治法律来救我们中国”,把中国建成一个二十世纪头等的共和国^[3]。孙中山的演说并不十分激烈,娓娓说来,打动了所有企图挽救祖国危亡的青年的心弦,博得一阵阵经久不息的掌声。陈天华欢呼孙中山“是吾四万万人之代表也,是中国英雄中之英雄也”^[4]!之后,程家柽、蒯寿枢、张继、宫崎寅藏、末永节也发表了演说。富士见楼欢迎会实际上是建立中国同盟会的动员大会,是资产阶级革命民主派的示威大会,它的盛况标志着反清革命运动新高潮的临近。这次大会获得了良好的效果。清朝驻日公使馆非常注意孙中山的动向,派人混入会场探听情况,扬言要取消演说者和与会者的官费。但是大家却说“要取消就让他取消好了”。有的人还说:“我无论如何要革命,要参加孙黄一派的革命党。大不了把官费退还回去。”^[5]同盟会在群众革命情绪高涨中得到迅速的发展。
        8月20日,同盟会的会员已发展到一百余人,包括了十四个省籍的人士。这天,在东京赤阪区霞关阪木金弥子爵的宅邸召开了成立会。会上通过了黄兴等起草的会章。会章共三十余条,以后(1906年5月6日)经过修改,成为二十四条,这就是今天所能见到的《中国同盟会总章》。总章对会名、会址、宗旨、会员、本部机构和职员、分支机构、会费、会章的修改等问题,都作了具体的规定。同盟会的政治纲领、组织原则等重大问题都在总章中得到了反映。当天,还选举了总部的主要干部。孙中山被一致推选为同盟会总理。黄兴被推为负责执行部的庶务。
        同盟会的本部设在日本东京。本部的组织系统如下:
        

        总理是同盟会的最高领导人。依照会章规定:“总理对于会外,有代表本会之权,对于会内,有执行事务之权,节制执行部名员,得提议于议会,并批驳议案。”总理由本部所在地的会员选举产生。同盟会的总理一职始终由孙中山担任。
        执行部是本部权力最重的机关,负责组织革命的实际活动。它的职员由总理指定,调查科职员则由总理及该科科长指定。执行部庶务实际是该部负责人,相当于协理。总理他适时,可代行总理职权。先后担任庶务一职的有:黄兴、朱炳麟、张继、孙毓筠、刘揆一。
        执行部所属的机构有过多次变动,其名称也说法不同。先曾设过输送部、教育(编纂)部、经理部、参谋部,后来又增设联合部、谍报部、暗杀部。暗杀部实际上在同盟会成立之后就建立了,由黄兴亲自负责。著名的女会员方君瑛曾担任过暗杀部长。
        评议部又称议事部,其议员也由本部所在地会员选举,议员“以三十人为限,每年公举一次”。评议会的议长是汪精卫。曾经担任过评议员的有田桐、曹亚伯、梁慕光、张树柟、熊克武、周来苏、但懋辛、朱执信、胡瑛、吴永珊(玉章)、康宝忠、吴鼎昌等。
        司法部的职员亦由选举产生。该部判事长为邓家彦,检事长为宋教仁。
        同盟会的本部是按资产阶级的民主制度建立起来的,它采取了立法、司法、行政三权分立的原则设立机构,并使用选举的办法推定自己的最高领导和评议员、司法部职员。
        在1905年至1906年间,东京同盟会本部的机构逐渐健全起来。当时,为便利起见,三部联合开会多,分别开会少。三部的机构也时有兴革。1906年修改的同盟会总章没有设立司法部的条文,显然这个部被取消了。
        同盟会正式成立的第二天,二十世纪支那社移交与同盟会总部。不久,改组为民报社,出版《民报》,作为同盟会的机关刊物。民报社是同盟会的唯一公开机关,它不仅担负着宣传革命宗旨的任务,在孙中山、黄兴离日以后,留在东京的同盟会干部经常把它当作集会议事的地点。　　
        同盟会总部建立以后,便积极地活动起来。从此,中国的反清革命运动有了统一的指导中心。这使孙中山感到无比的高兴。他说:“自革命同盟会成立之后,予之希望则为之开一新纪元”,“吾始信革命大业可及身而成矣!”^[6]他兴奋地向在南洋的同志报告说:“近日吾党在学界中,已联络成一极有精彩之团体,以实力行革命之事。现舍身任事者已有三四百人矣,皆学问充实,志气坚锐,魄力雄厚之辈,文武才技俱有之。……将来总可待学界之大半。有此等饱学人才,中国前途诚为有望矣。”^[7]