同盟会的内部矛盾因陶成章去南洋募捐而进一步加剧。
        1908年秋,孙中山在新加坡设立同盟会南洋支部,宣称“欲使南洋各处团体互相联络,以成统一”^[1],委胡汉民为支部长,下辖南洋各分会。南洋支部实际上成为与东京本部并峙的中心。
        这一时期,革命党人在经济上遭遇到极大困难。在南洋,因参加河口起义被逐出的人员达六七百,要安排他们的生计。南洋革命党人为此焦头烂额,孙中山自己也常常陷入衣食不周的窘境。在东京,《民报》经费支绌,章炳麟穷得并日而食,有时就靠啃几块麦饼过日子。
        为了维持《民报》出版和筹措在江、浙等五省活动的经费,同年9月,陶成章改名唐继高,带着章炳麟所印《民报》股票数百张赴南洋筹款。到达新加坡后,住在《中兴日报》馆,撰文参加和《南洋总汇新报》的论战。同时向孙中山要求拨款三千元作为《民报》印刷费,并要求增加股款及维持费。孙中山和章炳麟不和,对章把《民报》办成“佛报”不感兴趣;陶成章支持章炳麟,孙中山对他南来活动也有戒心。因而,没有积极支持。最初,孙中山曾将自己的手表等物交陶成章变卖,其后,陶成章要求为他筹款五万元,孙中山即“推以近日南洋经济恐慌,自顾不暇,断难办到”^[2]。陶要求孙中山写信介绍他到各地筹款,孙中山应允了。
        在光复会并入同盟会的过程中,陶成章的行动本来就是迟缓的。直到1907年1月4日,他才成为同盟会员。这时,更对孙中山产生了疑忌,便决计“独自经营”。他和在槟港当教员的原华兴会会员李燮和计议,印刷光复会盟书,准备在南洋大量发展会员。11月,陶成章至缅甸仰光,在《光华日报》发表记述秋瑾、徐锡麟起义的《浙案纪略》,以为宣传,同时,以江、浙、皖、赣、闽五省革命军布置决行团为名筹饷。发票正面加盖的是“浙江同盟分会”印;背面,陶成章声明:“光复会由来已久”,内地“更改为难”^[3],为重新打出光复会旗号埋下了伏笔。
        12月6日,陶成章带着孙中山的介绍函到槟榔屿筹款,不很顺利,该地华侨仅认捐三百元;到坝罗,亦仅认捐三百数十元。陶成章怀疑孙中山在暗中捣鬼,开始攻击孙中山。其后,陶成章准备向各地收款,再次向孙中山索取介绍函,孙中山没有给。因此,陶成章便去到爪哇泗水,在浙人王文庆等的支持下,成立光复会,和同盟会南洋支部对立。
        泗水光复会成立后,各地分会陆续成立。新加坡参加者有许雪湫,文岛有李燮和及侨商曾连庆等。由于许雪湫等在黄冈起义失败后群居南洋,对孙中山及其左右采取的善后措施颇多非议,便大力支持陶成章,因此,南洋光复会中以潮州、嘉应人为多。
        1909年5月,陶成章在文岛等地散布流言,声称孙中山将各处同志捐款攫为己有,家中发了大财,河口起义所用不过千余元等等。9月,陶成章去到槟港,纠合李燮和等五六人,以川、广、湘、鄂、江、浙、闽七省同志的名义起草了一份《孙文罪状》,指责孙中山“谎骗营私”,有“残贼同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等“罪状”三种十二项,并提出善后办法九条,要求“开除孙文总理之名,发表罪状,遍告海内外”。同时要求废除南洋支部章程,另订新章,使南洋各同盟会分会直属东京总会。《民报》已于1908年10月被日本政府封禁,《罪状》要求重开《民报》机关,附设旬报,凡《中兴报》发行的地方,该报都要“踪寻之而往”。《罪状》并诬蔑孙中山在香港、上海汇丰银行贮款二十万,孙眉在九龙起造屋宇,孙中山汇款助建云云。陶成章还带着这份罪状赶赴东京,找到黄兴,要求同盟会本部开会讨论。
        《孙文罪状》纯系不实之词。它得到了章炳麟和江、浙少数人的支持,但却遭到了黄兴等的坚决拒绝。黄兴、谭人凤、刘揆一联名发表长达千余言的致李燮和等公函,逐条为孙中山辩解。因此,黄兴也遭到陶成章的攻击。随后,在爪哇的陈威涛将《孙文罪状》印刷百余份,邮寄中外各报,将对孙中山的攻击公之于世。
        当时,黄兴、汪精卫正在东京筹备续出《民报》。陶成章认为它只能为孙中山“虚张声势”^[4],非先革除孙中山的总理职务不能办报。这一要求也遭到了黄兴的拒绝。陶成章便运动章炳麟刊印传单《伪〈民报〉检举状》,分送南洋、美洲各地,攻击孙中山“怀挟巨资,而用之公务者十不及一”。传单说:“昔之《民报》为革命党所集成,今之《民报》为孙文、汪精卫所私有,岂欲伸明大义,振起顽聋,实以掩从前之诈伪,便数子之私图。诸君若为孙氏一家计,助以余资,增其富厚可也;若为中国计者,何苦掷劳苦之余财,以盈饕餮穷奇之欲!”11月6日,保皇派的《南洋总汇新报》发表了这份传单。11日、27日、29日,又分三天连载了《孙文罪状》,借机攻击说:“自革命邪说流毒南洋以来,一般之劳动社会,几于尽为所惑,诚足为风俗人心之大害。兹特将此传单录出,欲使华侨知革党之内容如是如是,则已入迷途者宜急早回头,将入而未入者更宜视之若浼。大之为国家培无限之正气,小之为华侨惜有限之资财。”^[5]与陶成章、章炳麟相呼应,在法国的张继则要求孙中山“退隐深山”,或“布告天下,辞退同盟会总理”^[6]。
        当陶成章、章炳麟大肆攻击之际,孙中山正在伦敦。10月22日,他致函在布鲁塞尔的同盟会员王子匡,指出这是革命前途的大不幸,对于联络华侨“大有阻碍”^[7]。同时,又致函主办《新世纪》的吴稚晖,要求吴为长文一篇,为公道之评判。
        陶、章对孙中山的无理攻击激起了革命党人的义愤。东京方面,黄兴等决定不和章炳麟计较,只在即将续刊的《民报》上登一启事,宣布章为“神经症”之人。他要孙中山“海量涵之”,表示“陶等虽悍,弟当以身力拒”^[8]。为了给孙中山赴美活动扫除障碍,黄兴又发函美洲,指出有人从东京发函攻击孙中山,“用心险毒,殊为可愤”,要求美洲同志乘孙中山到美机会,同心协力,共谋团体进步^[9]。安南方面,中国革命党人发表《河内公函》,详述发动云南、广西起义的情况,针对陶成章的诽谤,一一予以驳斥。南洋方面,革命党人焚毁了陶、章散发的印刷品,并派人调查,发现孙中山在九龙的家除几间旧房外,别无所有;孙眉自己盖了草房子在那里种地。于是,将调查实情公布,真相大白。
        由于双方日益对立,加上刘师培通敌叛变所造成的复杂情况,东京的革命党人未经冷静分析即公布了章炳麟致刘师培、何震六函,指责章炳麟为端方的侦探。11月下旬,《中国日报》发表《章炳麟与刘光汉之关系历史》及《为章炳麟叛党事答复投书诸君》二文,指责章炳麟为“两截人物”,是“中国革命党之罪人”,“东京《民报》之罪人”。12月,孙中山得悉保皇派报纸发表了章炳麟的《伪〈民报〉检举状》,认为章炳麟“破坏党事,已不留余地”,要求吴稚晖将刘师培“发露太炎同谋通奸之笔迹照片”寄给他^[10]。同月21日,吴稚晖在信中向孙中山表示,要将章炳麟的“行为心术,详为发覆”^[11]。在此前后,新加坡《中兴日报》、香港《公益报》、巴黎《新世纪》、美国《少年中国晨报》先后发表了章炳麟致刘师培、何震的几封信和其他答辩文章。这样,关系就无可挽回地恶化了。
        陶成章初到东京时就对章炳麟说:“逸仙难与图事。吾辈主张光复,本在江上,事亦在同盟会先,曷分设光复会?”^[12]章炳麟表示同意。1910年2月,光复会总部成立于东京。章炳麟任会长,陶成章任副会长;在南洋设行总部,代行东京本部职权,李燮和、沈钧业、魏兰为办事人员。3月10日,章炳麟、陶成章在东京发刊《教育今语杂志》,宣称以“保存国故,振兴学艺,提倡平民教育为宗旨”^[13]。
        后期光复会反对孙中山的武装起义路线,讥为“东放一把火,西散一盘沙”,说是“丧民费财,祸莫大焉,一有不慎,必引外国人之干涉,后事益难着手矣”^[14]。它提倡经商以积聚款项,又提倡教育和暗杀,声称“专主个人运动,以教育为根本”^[15],“实事求是,以图渐进”^[16]。陶成章甚至想入非非,计划在北京开设妓院,以美人诱惑满清贵族,席间下毒,一网打尽。这一时期,他虽然还怀着“排满”的总目的,但在进行方针上,却已经和改良派相差无几了。
        1911年初,陶成章因感到在东京“实在难以过日”^[17],写信给李燮和,表示愿到南洋找一个寺院寄居,多著几部历史、地理教科书。4月,陶成章重到爪哇泗水。
        与陶成章等重建光复会的同时,孙中山也在着手改组同盟会。1909年冬,他在到达美国后复函张继,声称:“所云重新组织团体,弟在南洋已自行之,是以南洋之组织与东京同盟会不为同物。”又说:“(东京)同盟会及太炎至今未自认过,则弟已不承为彼等之总理者久矣。前去两年,两广、云南之起兵,皆奉革命党本部之名义,并未一用同盟会名义也。”^[18]1910年2月,他在旧金山建立同盟会分会,改十六字纲领为“废灭鞑虏清朝,创立中华民国,实行民生主义”,盟书中的“中国同盟会会员”也改为“中华革命党党员”。同年秋,孙中山抵达槟榔屿,通知南洋各地同盟会分会一律照改^[19]。1911年春,美洲《少年中国晨报》发表《中华革命党三民主义》一文,将这一变动公之于世,声称:“中华革命党总机关虽设在外洋,而党事之发达尤以内地各省为最盛。”^[20]但是,同盟会已在群众中留下了深刻的影响,“中华革命党”的名称始终没有传播开来。
        光复、同盟两会之间的矛盾纠缠最久,一直延续到辛亥革命以后。它严重地损害了革命党人的威信,分散和瓦解了革命的力量。