川系军阀是辛亥革命以后逐渐形成的,但其来源却可追溯到清末编练的四川新军。光绪二十七年(1901)清政府废除绿营制度,建立新军,规定全国各省共编练三十六镇(师)。四川因省区较大,兼控康藏地区,决定成立第十六、十七、十八三镇。四川不仅负担三镇的全部经费,每年还要定额接济邻省:西藏一百万两,云南五十万两,贵州四十万两,甘肃、青海各三十万两^[1]。为了培养聚集军事人材,需要设立军事学堂,派遣青年出国学习军事。四川首先派遣周道刚、徐孝刚、胡景伊、张毅、刘鸿逵、徐海清六人,赴日本陆军士官学校学习军事。随后,四川相继设立了武备学堂、陆军小学堂、官弁学堂、陆军速成学堂、陆军讲武堂等,培养中下级军官。这些学堂毕业的学生,后来成为四川军队的骨干力量,大多成为军阀部队的各级军官。
        辛亥革命前夕,四川已建成的新军,仅第十七镇。辛亥革命后,四川军队已编为五个师,即宋学皋(后为周骏)的第一师,彭光烈的第二师,孙兆鸾的第三师,刘存厚的第四师,熊克武的第五师,而以胡景伊为全川陆军军团长,控制五个师。袁世凯死后,川军仍保留五个师的兵力,分别以周道刚、刘存厚、钟体道、陈泽霈、熊克武为一至五师师长。由于这时中国出现了分裂割据的局面,无论是附袁川军,还是倾向护国军或倾向孙中山的川军,其首脑人物无不利用“南北角逐”的形势,乘机窃取和扩大军权,招募私人军队,发展个人势力。一些中下级军官,也逐渐坐大,占据一定的地盘。这些割据势力,无论南、北政府都鞭长莫及,只好采取居间操纵,使其互相牵制的策略。这样,护国战争结束以后,四川的军阀势力就基本形成了。
        四川大规模的军阀战争开始于1917年“刘罗”、“刘戴”之战,已如前述。战后,北京政府任命周道刚为四川督军,但是段祺瑞又派吴光新入川查办,企图控制川、滇、黔地区。于是川、滇、黔联合起来赶走了吴光新。北京政府又任命刘存厚为四川督军,以张澜为省长。
        1918年1月9日,熊克武在重庆就任四川靖国军总司令,响应护法,联合滇黔军,共同讨伐依附北洋军阀的刘存厚,进占成都,刘存厚退至陕西宁羌。4月,孙中山任命熊克武为四川督军,杨庶堪为省长。熊克武在当时的国民党人中不愧为革命志士,然而他当上督军后,处在封建割据和军人专政的环境中,也走入了军阀的行列。
        1920年5月至10月又发生了新的川、滇、黔军阀大混战,熊克武联合川军各部,对抗滇黔军,结果滇黔军全线崩溃,退回云贵。从此辛亥以后客军驻川的局面结束。但是,四川本省各派系军阀混战的局面,却又延续了下去。川军此时扩大至十个师以上。