三论宗的祖庭是草堂寺,位于今陕西户县境内的圭峰山下。寺内有翻译三“论”即《中论》、《百论》、《十二门论》的西域高僧鸠摩罗什的舍利塔(该寺的情况详见第四节“东西两晋尚浮图”)。在三论宗的历史上鸠摩罗什一系的学说流行于北方,被称为“旧三论”或“关河旧说”;以后流传到南方,在南京摄山发扬光大。吉藏法师是摄山“新三论”的代表,杖迹朝野,广阐玄化,成为三论一宗的实际创宗者。吉藏师从法朗,法朗师从僧佺,僧佺师从僧朗。僧朗在摄山传法,深得梁武帝器重,从而创立了摄山三论的基业。摄山又称栖霞山,山有栖霞寺,即摄山学派主要活动场所。僧佺、法朗、吉藏都曾在这里执经问道,发扬宗风,堪称三论宗的祖寺了。相传栖霞寺建于南齐建元年间(479 —482),是一位名叫明征君的居士舍宅为法度法师所造。唐高祖李渊改寺名为“功德寺”,增建殿宇楼阁四十余所,高宗制“明征君碑”,又改寺名为“隐君栖霞寺”。以后寺院香火不断,闻名遐迩,被誉为“四大丛林”之一。清咸丰五年(1855)寺院毁于火焚。光绪三十四年(1908)寺僧募资重建,略复旧观。今存山门、天王殿、毗卢殿、藏经楼和摄翠楼等,大部分为光绪年旧作。寺内寺外还保存有许多文物古迹。有始建于隋重修于南唐的石舍利塔,八面五层,高约15米,雕刻非常精巧。还有“无量殿”、“千佛岩”等。唐高宗所制的“明征君碑”也基本完好。
        吉藏之所以使三论扬名天下,与他在京城长安的活动经历分不开。隋末动乱,吉藏移住会稽(今绍兴)嘉祥寺,江南平定后以盛名入晋王杨广在扬州的慧日道场。开皇十九年(599)随杨广入京,住在青龙坊杨广所建的日严寺。入唐,吉藏被选为“十大德”之一,协助朝廷管理佛教事务,先后住在长安实际寺、定水寺、延兴寺。去世后葬在长安以南终南山至相寺的北岩。