东晋时,佛教和儒家也发生了争论,重要问题之一是:佛教徒要不要遵守儒家的礼制,跪拜皇帝。
        东晋成帝咸康六年(340),车骑将军庾冰执政,主张僧人见皇帝应行跪拜礼,尚书令何充等人坚决反对。于是把这个问题交给礼官详议。博士同意何充的意见,中书侍郎则同意庾冰的主张。何充联合了一部分朝官,联名向皇帝上书。他们的理由是,前几任皇帝难道不够英明? 他们都没有提出这个问题,我们为什么要多此一举? 所以我们主张,应遵守过去的章程,不要改变。
        庾冰代晋成帝起草一道诏书,其中说道:建立君臣父子上下等级尊卑的秩序,是非常重要的。佛教是方外之士,但我们是方内之人。佛教徒到方内来,怎能不遵我方内制度? 名教由来已久,千秋百代不能废除。现在却要不顾名教,不遵礼仪,使凡庸之流,盛气傲人,败坏国家制度,这是我所不能理解的。况且所谓的和尚,原不过是晋朝的百姓;论他们的才智,也不能超越常人。只是由于他们能强辞夺礼,穿着不同的衣服,就要和大家不同,不遵礼制,甚至把他的躯体看得和皇帝同样尊贵,不向皇帝礼拜,这是我不能容忍的。
        诏书下来,何充等人纷纷反对。何充说,佛教的教义,实在是有助于皇上教化百姓。他们抛弃的,是外表的某些作法;他们坚守的,是内心那高尚的修养。每当他们烧香拜佛时,总是先替国家祝福。他们对皇上的衷心敬拜,仿佛出自天性,所以不应因小节而忘了他们的大作用。
        由于何充等人的反对,和尚行礼之事此次没能贯彻执行。后来,桓玄执政,又一次提出和尚跪拜皇帝问题。桓玄说:王侯和天地比美,同称为三大:天大、地大、王侯也是大。僧人跪拜皇帝,等于跪拜天地,并不仅是因为皇帝社会地位高贵。天地生养万物,皇帝进行治理。僧人要生活,必须依赖天地和皇帝。受了人家的恩惠而不表示敬意,哪有这样的道理?
        佛教方面,主要坚持他们的教义有助于王化,所以皇帝对他们这些不同于众的行为,应该宽容。宽容了他们这些行为,使他们尊贵,才更有助于王化。高僧慧远写了一系列文章,论证僧人不应礼拜王者。
        慧远说,出家人弘扬佛教,功与帝王同高,教化有益于世道。在家人,有君臣的秩序,父子的亲爱。佛教正是根据人的这种本性,教他们崇敬君王,孝顺父母。并用天堂来吸引他们,用地狱来恐吓他们,使他们心甘情愿地服从王化。因此,凡是信佛教的,都是顺民孝子。
        出家人之所以出家,就是由于他的追求和常人不同,他追求的是道,和世俗恰恰相反。既然追求不同,做法也就不得不异。这样做,恰恰是为了救世,如果一人得道,使他的亲属、甚至整个天下都有好处,那么,他们在礼仪方面的缺失又算得了什么呢!
        慧远的说法,从理论的论证方面,应该说是非常圆满的。僧人是为普天下人寻找那永恒而伟大的幸福的,礼仪不周有什么要紧呢? 问题仅仅在于,僧人所追求的那种幸福是否真的可以得到? 和镜花水月相比,佛教所说的幸福或许更加虚幻。
        然而尽管虚幻,它还是在一代又一代里吸引着一批又一批信徒。虚幻的幸福毕竟不是完全的虚无,它能使那些伤痕累累的心灵得到慰藉,因而能减少那因社会不平而激起的怒火。佛教,确实有助于王化。后来,桓玄也不再坚持,佛教在这次争论中胜利了。
        但是,以儒家为基本指导思想的封建国家不会容忍这种状况长期存在,大约隋唐以后,无论是僧人、道士,都要向皇帝礼拜。
        唐代还有和尚出来提倡孝道。师徒之间,实行儒家的三年丧制。儒家的礼制,逐渐渗入到佛教内部。有个和尚恒超,范阳人,儒学精通,家富巨万,后来学佛,师父死后,遵佛教丧仪,守礼从不懈怠。他那孝悌的名声,传遍了北方燕地。著名的禅学北宗领袖神秀死后,服丧的不仅有他的弟子,且名士达官也不可胜纪。
        明代建国之初,朱元璋作出规定,出家人若原来家中有了丧事,必须和普通人一样守丧。不遵守的杖一百,并勒令还俗,在儒家的进攻面前,佛教一次又一次地作出退让。