法相唯识宗认为,世界上的一切,都是识所变现的。能看到的:大小多少,红绿黑白,是眼识变现的;人声鸟鸣、乐音雷声,是耳识所变现的;酸甜香臭,是鼻识所变现的;人的各种思想,是意识所变现的,如此等等。识变现世界,就有点像种子长出了花草树木。但唯识宗说,识也是种子变现的。种子处在不断的生灭之中。旧种子产生出新种子,新种子又产生更新的种子。识,是种子产生的;识(前七识)又会产生种子。种子就藏在第八识阿赖耶识里。
        种子学说明显来源于实际生活,源于对生物传种续代的认识。
        生物是由种子产生的,可说早已经成为常识,但并不从来就是常识。人类认识到种子可长出植物,和用火一样,都是具有划时代意义的发现。这个发展是农业的开端,它使人类的生活进入了一个新的时期。
        佛教种子说认为,种子有两种状态:一种是本来的,干净的;一种是经过熏染的。就像一般植物种子一样,有它自己的本来面目,但又要经历一系列其它因素的影响。受其它因素影响,就叫熏染、熏习。
        佛教论述这个熏习,他们说,就像熏芝麻。对芝麻种子进行熏制,以适应人们不同的需要,这种情况被佛教用来比喻思想观念受外界的影响。佛教还把熏习比作香料熏衣。香料可以燃尽,但香气却仍在衣服中存在,人的思想受了外界事物的影响,那事物可能已经消失,但影响仍在。这影响就像新的思想,新的思想又产生新的行动。因此,这由熏习而生的新思想就像新种子。由影响而产生新思想,就像植物又产生种子。
        在种子说的基础上,唯识宗建立了他们的宇宙生成论或万物起源说。他们说,种子中有生起因,即促使种子萌发、生起的原因。这显然是一种推测,但它是从现实出发的推测。唯识宗认为,就像稻谷种子对于稻芽,谷种是幼芽的生起因,谷种中当然也有使它萌发的生起因。
        种子萌发以后,其生长过程是不间断的,不会停止,并且按一定次序进行。佛教唯识宗把这种情况叫作等无间缘或次第缘。并且认为,世界上一切事物都是这样生成的。
        植物的生长不是孤立进行的,它是在某种环境中生长的,以环境为依托。唯识宗认为,一切事物的生成都与环境有关,他们把这种情况叫作所缘缘,也就是所依托的环境、条件。
        植物生长需要条件,不是仅凭种子就能生长的。它要阳光、空气、雨水,也要人们翻土、施肥、中耕、灌溉等等。另一面,它也可能遭受到许多危害:病虫旱涝、风霜雹冻。这一切,都是在种子以外发生的,是给种子增加的东西。所以唯识宗把这些因素叫作增上缘,即在种子自身以外增加的条件。在增加的条件中,有的对作物生长有利,那么这些增上缘就是顺的。有些对作物生长不利,这些增上缘是违的。
        种子能够萌发,幼芽能够生长,必有什么因素使它能够生长,就像什么东西牵着它一样。唯识宗把这种因素叫作牵引因。种子在变成果实的过程中要吸收外界的营养,如水、土中的营养,唯识宗把这叫作摄受因。种子变成果实,种瓜得瓜,种豆得豆,这种情况叫定异因。
        因必有果,就像种子一定结出果实。善有善报,恶有恶报,就像种瓜得瓜,种豆得豆一样,叫报果,也叫异熟果。植物生长过程中,由于遭遇的情况不同,果实也会不同。风调雨顺、水饱肥足、管理周到得到的果实和遭灾受害、管理不周的果实不一样,这样得到的果实叫增上果等等。
        唯识宗的八识、种子、四缘、十因、五果,这一整套宇宙生成论,也是他们基本的宗教哲学。透过那难以理解的术语、命题,我们看到了什么呢?看到的是一幅植物生长的完整图像:一粒种子,本来好好的,但可能经过某种处理,或者受外界某些影响,无论如何,种子可长出生物,生物又可产生种子。种子萌发以后,会碰上种种情况,有顺利的,有不顺利的。生物就在和这些环境条件的依存中生长、发育、开花结实。种瓜得瓜、种豆得豆,是种子结实的一般原则。由于所受的条件不同,结出的果实也会有好有坏等等。
        佛教说世界是虚幻的,那是他们的理论所引出的结果。至于这个理论的基础,理论由以出发的前提,则是真实的。在这里,也就是唯识宗所用作比喻的种子到果实的全过程,就连他们自己也认为是真实的。不真实,就无法用作比喻。他们用种瓜得瓜比喻,因为种瓜一定得瓜,这不虚幻。若种瓜得豆,那么,不仅用作比喻的前提荒谬,而由此引出的结论也难以为人信服。倘若种瓜竟得出个鸟儿、兔儿,甚至一个胖娃娃,那就更不能用作善有善报的比喻。
        种子长出植物,还可以说仅仅是常识,但是认为种子长成植物需要种种条件,依条件的不同果实也会不同,唯识宗甚至还特意指出人为的因素对果实的影响等等,这就不仅是常识,而是对植物生长的科学知识。人为的作用还使我们看到印度那发达的农业技术对人们思想的影响。