这个时期,反教会斗争仍然此伏彼起,连绵不断。由于帝国主义和清政府越来越紧密地勾结在一起共同镇压人民,所以反教会斗争和反清起义常常交织在一起。许多地方从反教会斗争开始,很快就发展到攻打州县衙门,把斗争的矛头同时指向媚外的清朝官吏。
        1906年2月,福建漳浦县天主教堂借故拘留农民,引起公愤。四乡农民聚众拆毁教堂,知县前往弹压。“乡民乃迁怒县令,挟之入城,并破县狱,囚犯走散一空,城内之耶稣教堂亦被攻毁”^[1],全城大乱。闽浙总督崇善急忙派兵前往镇压,捕杀乡民十五人,赔教堂款三万两。同月,河南淮宁县“仁义会”首领吴太山率领群众反抗教会压迫,捕杀仗势欺人的教民多人。“仁义会”又称“大刀会”,是淮宁、西平、遂平、泌阳等地的民间秘密结社。参加的成员以农民为主,另外还有贫苦知识分子和小商贩等。据《西平县志》记载,“仁义会”“以扫清灭洋为帜”。吴太山是山东人,曾参加义和团运动,失败后逃到河南,创立“仁义会”。当河南巡抚派兵前往淮宁镇压“仁义会”时,吴太山等见寡不敌众,乃避往西平县,后又投奔遂平县“仁义会”首领苗金声。苗金声是遂平八里铺人,家有七八亩地,当过兵,拉过戏班。他和吴太山决定于3月29日在西平县金刚寺起义,部众“千余人,马七八十匹”。后来,转移到遂平县嵖岈山,凭据石寨,抗击清军,并推举张廷得为“开国大元帅”,苗金声为副元帅。不久,南阳总兵率领清军进攻嵖岈山。义军在苗金声指挥下,奋勇迎战。最后因寡不敌众,不幸失败。苗金声逃至鹿邑,被清军捕杀。与此同时,湖北罗田人张正金聚众焚毁安徽霍山教堂。当清军前往镇压时,群众高擎“官逼民变”、“辅清灭洋”旗帜,英勇抵抗,曾一度围攻县城。安徽巡抚咨调河南、湖北两省军队“会剿”,才将群众镇压下去。
        这一年,在江西又发生了轰动一时的“南昌教案”。南昌县知县江召棠因办理荏港民教械斗一案赴教堂交涉,法籍传教士王安之逼迫江在他事先拟好的条款上签字,由于江严词拒绝,被王刺伤,因流血过多致死。血案发生后,激起南昌各界人民的愤慨,前往痛哭吊祭者达数万人。一幅哀挽写道:“会垣重地而敢戕官,目中尚有人哉!吁!同僚之耻也,同宗之慼也,同乡之疚也,同种之忧也。”^[2]学界代表散发传单,揭露惨案真相,号召各界人民于2月25日在百花洲沈公祠召开特别大会,讨论对策。南昌革命团体易知社人士积极宣传鼓动,投身斗争。在爱国心的驱使下,各界群众络绎不绝,前往沈公祠。一时百花洲畔人山人海,所谓“下流社会”的劳动群众占了绝大多数。主持会议的绅士害怕引起暴乱,临时宣布改期集会。江西巡抚胡廷幹又派兵监视会场,不准伸张正义,深恐得罪洋人。这样,已经到会的各界群众便更加愤怒。于是,群众一哄而起,捣毁了沈公祠。随后,便举火烧教堂,城内外英法四所教堂一日之间尽成废墟。杀人凶手王安之被击毙。英法传教士及其家属八人亦被杀。
        此案发生后,法国公使大肆咆哮,说中国人排外。英、法军舰驶入鄱阳湖示威。清政府急忙宣布将胡廷幹撤职,派津海关道梁敦彦偕同法国使馆人员往江西查办。经过近三个月的磋商,签订了《南昌教案合同》,清政府被迫把江召棠的被害说是“情急自刎”,竟杀害六名中国人抵命,将地方官吏多人撤职,赔偿教堂银二十五万两。这个消息传到日本后,中国留日学生非常愤慨。同盟会员宋教仁从日本报纸上翻译了《痛诋法人之无道》的论文一篇,名《南昌事件概论》,寄回国内“报馆登之,以壮国人之气”^[3]。
        1906年以后的三四年间,“焚教堂,戕教士”的案件仍然时有发生。1907年5月,浙江象山县乡民捣毁教堂,掀起反教会压迫斗争。6月,四川开县谭汝霖率众“打教堂”,将城内教堂、学堂及教民房屋拆毁。知县率兵镇压,被群众击退。群众很快转向抗捐斗争,将酒捐肉厘各局一概捣毁。9月,江西南康天主教民因勒买攘抢耕牛起衅。农民黄太盛等为了报仇,设坛学习神拳,并将教堂付之一炬,杀死法籍传教士一人,教民数十人。反教会斗争很快波及赣州、崇义等地。清军前往镇压,群众被捕杀十余人。于是,各乡习神拳群众迅速结成队伍,“黄衣执祯”,围攻赣州城。不久,被清军残酷镇压下去。1908年,安徽英山县乡民烧毁教堂。此外,先后发生反教会压迫斗争的地方还有:湖北随州、蕲春,山西左云等州县。
        综上所述,1906年以后,全国反教会斗争的次数有逐渐减少的趋势,社会影响也不如以前显著。这一方面是由于南昌教案发生后,清政府颁发上谕,再次严命各省文武官吏,切实保护外国人财产及教堂,又命张之洞会同外务部“妥筹民教相安之法”,千方百计地压制人民的反教会斗争。另一方面,同一时期内各省收回利权运动蓬勃发展起来,广大劳动人民纷纷卷入了新的斗争,并在斗争中起了很大的促进作用。这表明,随着国内资产阶级民主革命形势的进一步发展,农民自发的反教会斗争,已开始让位于资产阶级领导的反帝爱国运动。